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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgttaatacagttatatgtgttatatctgagggttggcttcttagctctgagtaacacctgctttatgtgatttgtgatctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGTGCTCCATTGATTGCCACTCTTCCCCTGGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0060g00550.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71860005|gb|DT009060.1|DT009060
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|71864155|gb|DT013210.1|DT013210
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
EST: gi|71863830|gb|DT012885.1|DT012885
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAGAAA-CCTATGACACCTGAGACATG
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGA-AAAGCCTATGACACCTGAGACATG
EST: gi|71859655|gb|DT008710.1|DT008710
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
EST: gi|30255732|gb|CB971864.1|CB971864
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
EST: gi|110713529|gb|EE089531.1|EE089531
EST:     TTAGCTTTTCAAAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|33409351|gb|CF214978.1|CF214978
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
EST: gi|71860180|gb|DT009235.1|DT009235
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
EST: gi|110724668|gb|EE100695.1|EE100695
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|71859858|gb|DT008913.1|DT008913
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EST: gi|71862843|gb|DT011898.1|DT011898
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|351042212|gb|FQ442679.1|FQ442679
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|110424854|gb|EC991228.1|EC991228
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|351036953|gb|FQ459475.1|FQ459475
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EST: gi|71863440|gb|DT012495.1|DT012495
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EST: gi|71857295|gb|DT006350.1|DT006350
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EST: gi|30256302|gb|CB972145.1|CB972145
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
EST: gi|71857604|gb|DT006659.1|DT006659
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGA
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EST: gi|71862923|gb|DT011978.1|DT011978
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|71863514|gb|DT012569.1|DT012569
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EST: gi|71862250|gb|DT011305.1|DT011305
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|71861341|gb|DT010396.1|DT010396
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|33404234|gb|CF209861.1|CF209861
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EST: gi|71865053|gb|DT014108.1|DT014108
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EST: gi|352794639|gb|FQ475137.1|FQ475137
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|71864745|gb|DT013800.1|DT013800
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EST: gi|110712211|gb|EE089572.1|EE089572
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EST: gi|156735476|gb|EV239597.1|EV239597
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EST: gi|161719209|gb|FC069368.1|FC069368
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EST: gi|71857143|gb|DT006198.1|DT006198
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EST: gi|71859177|gb|DT008232.1|DT008232
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EST: gi|161716198|gb|FC065858.1|FC065858
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
EST: gi|71862982|gb|DT012037.1|DT012037
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
EST: gi|71855270|gb|DT004325.1|DT004325
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTA
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTA
EST: gi|71856475|gb|DT005530.1|DT005530
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTGTTAATCTTCCAAC
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EST: gi|349832974|gb|FQ416352.1|FQ416352
EST:     AGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|71862263|gb|DT011318.1|DT011318
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
EST: gi|110730113|gb|EE106821.1|EE106821
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|161715970|gb|FC068759.1|FC068759
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|110718171|gb|EE094700.1|EE094700
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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EST: gi|110700143|gb|EE077843.1|EE077843
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
genomic: TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAGgtgtgttaat ... atctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
EST: gi|71859256|gb|DT008311.1|DT008311
EST:     TTAGCTTTTCAGAATGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAG                         GTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGT
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttggcttcttagctctgagtaacacctgctttatgtgatttgtgatctttacagGTGAAGACTATTAATCTTCCAACTGAAAAGCCTATGACACCTGAGACATGTGCTCCATTGATTGCCACTCTTCCCCTGGAG
                 gagtaac  putative branch site (score: 2)
                                              tctttac  putative PPT
                              tttatgt  TA-rich tract