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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagggtttattgaagtgttattttggtttctgtttcagtagagtggtttttcagttttgtgaatttagggtttgtttcttttgttttgtgggtcaggcgtttgatctatttgttgtttctatgcgggtttttattcttgaaaatttcttgatttgtagTGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAATGAGGTTTAGGTTCAAGAATGGGGTGTGTACTTGGTCGTGAAGTGTTGTC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0030g01260.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71862308|gb|DT011363.1|DT011363
EST:     GTGCTGGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTGATTGATG                         TGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAAT
genomic: GTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATGgtgagggttt ... tgatttgtagTGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAAT
EST: gi|71862261|gb|DT011316.1|DT011316
EST:     GTGCTGGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTGATTGATG                         TGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAAT
genomic: GTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATGgtgagggttt ... tgatttgtagTGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAAT
EST: gi|71861054|gb|DT010109.1|DT010109
EST:     GTGCTGGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTGATTGATG                         TGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAAT
genomic: GTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATGgtgagggttt ... tgatttgtagTGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAAT
EST: gi|71864831|gb|DT013886.1|DT013886
EST:     GTGCTGGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTGATTGATG                         TGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAAT
genomic: GTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATGgtgagggttt ... tgatttgtagTGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAAT
EST: gi|71860162|gb|DT009217.1|DT009217
EST:     GTGCTGGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTGATTGATG                         TGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAAT
genomic: GTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATGgtgagggttt ... tgatttgtagTGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atctatttgttgtttctatgcgggtttttattcttgaaaatttcttgatttgtagTGATTAATTGATGATTGAAGAGCATGCATATTGAACATGGTGCTGAGAAATGAGGTTTAGGTTCAAGAATGGGGTGTGTACTTGGTCGTGAAGTGTTGTC
                                          tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                        tttctt  CT-rich tract
                        tttttattcttgaaaa  TA-rich tract