1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtttgtgcttcaccctacttgtttctaagattggaaactattgcagataaggataaatattaaattttgctattaattgcagatagagggtattggaaaaagaaattaattttgtgtgtgtgtttggcagCGTGAACTGGGTAAATGGAGTTTCAAGAGCAAAAGGAACGACACTTATTGTGAAGCATTCATGTTCCCTTTGCTGGTGAAGGAAGAGCTAGAGCTGTGGC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0006g00300.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGAAGCTGGGGTTACGGGCATTGTTGAG CGTGAACTGGGTAAATGGAGTTTCAAGAGCAAAAGGAACGACACTTATTGTEST: gi|110389128|gb|EC953944.1|EC953944
genomic: GAGGAAGCTGGGGTTACGGGCATTGTTGAGgtttgtgctt ... tgtttggcagCGTGAACTGGGTAAATGGAGTTTCAAGAGCAAAAGGAACGACACTTATTGT
EST: CAGCTTTGCGAGAAACGGTGGAGGAAGCTGGGGTTACGGGCATTGTTGAG CGTGAACTGGGTAAATGGAGTTTCAAGAGCAAAAGGAACGACACTTATTGT
genomic: CAGCTTTGCGAGAAACGGTGGAGGAAGCTGGGGTTACGGGCATTGTTGAGgtttgtgctt ... tgtttggcagCGTGAACTGGGTAAATGGAGTTTCAAGAGCAAAAGGAACGACACTTATTGT
attgcagatagagggtattggaaaaagaaattaattttgtgtgtgtgtttggcagCGTGAACTGGGTAAATGGAGTTTCAAGAGCAAAAGGAACGACACTTATTGTGAAGCATTCATGTTCCCTTTGCTGGTGAAGGAAGAGCTAGAGCTGTGGC
tattggaaaaagaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgtgcttcaccctacttgtttctaagattggaaactattgcagataaggataaatattaaattttgctattaattgcagatagagggtattggaaaaagaaattaattttgtgtgtgtgtttggcagCGTGAACTGGGTAAATGGAGTTTCAAGAGCAAAAGGAACGACACTTATTGTGAAGCATTCATGTTCCCTTTGCTGGTGAAGGAAGAGCTAGAGCTGTGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT