1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttcacttatcccaaaccatctagaatgttggttgagtccataatcaattgaatttgggttcatggtaagaaatttgaattggtaaattttgtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGGAATGGAAGCCTCAATGGAACGGCTACTAGCTCTGATTGATGATGTGTA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0019g03470.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGEST: gi|110380965|gb|EC946269.1|EC946269
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGEST: gi|110688899|gb|EE067979.1|EE067979
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGEST: gi|110401608|gb|EC968223.1|EC968223
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGEST: gi|110361955|gb|EC925461.1|EC925461
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGEST: gi|110712101|gb|EE089334.1|EE089334
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGGAAAACTCCCAAGCGATTTTGGAAEST: gi|30128322|gb|CB913661.1|CB913661
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTT-GGAA
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGEST: gi|110387531|gb|EC952206.1|EC952206
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGEST: gi|110375382|gb|EC940363.1|EC940363
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGEST: gi|110726721|gb|EE102749.1|EE102749
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAACAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGEST: gi|30134061|gb|CB919399.1|CB919399
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
EST: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGAT TTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
genomic: TCAAGAAATTCCTCTGGATCTACGTATGGTTGAAGCAGAGCGAGTTGGATgtatgtattc ... gtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAG
aattgaatttgggttcatggtaagaaatttgaattggtaaattttgtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGGAATGGAAGCCTCAATGGAACGGCTACTAGCTCTGATTGATGATGTGTA
aaatttgaattggtaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcacttatcccaaaccatctagaatgttggttgagtccataatcaattgaatttgggttcatggtaagaaatttgaattggtaaattttgtaatggcagTTGACATCCTGAAGACAACAATGGTTGAAAAACTCCCAAGCGATTTGGAAGGAATGGAAGCCTCAATGGAACGGCTACTAGCTCTGATTGATGATGTGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - -caaacca
- - - - - - - - - - - - -tgttggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aattgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagaaat