1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tgagattgtataaaatgcactaattattcatttcttcattttaaagcaagattgtttgaatcggacaagagagttggatgacttactttttctcaatgggCCTGTGGGATTTTATTCTCTCTCTTCTTGGTACTACATGGGTGAATCTTTTTCTATAGCAAAGACCCTATGGAGACAGGATGGGAATTCTGTAAGCAAAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0019g02410.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gcaagattgtttgaatcggacaagagagttggatgacttactttttctcaatgggCCTGTGGGATTTTATTCTCTCTCTTCTTGGTACTACATGGGTGAATCTTTTTCTATAGCAAAGACCCTATGGAGACAGGATGGGAATTCTGTAAGCAAAA
gacttac putative branch site (score: 2)
cttactttttctc CT-rich tract
ttacttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgagattgtataaaatgcactaattattcatttcttcattttaaagcaagattgtttgaatcggacaagagagttggatgacttactttttctcaatgggCCTGTGGGATTTTATTCTCTCTCTTCTTGGTACTACATGGGTGAATCTTTTTCTATAGCAAAGACCCTATGGAGACAGGATGGGAATTCTGTAAGCAAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - -ataaaat
- - - - - - - - gcactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gacaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagttgg