Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagcttggttttgccttccatgagcttgttttagcatgttatgtgattgtgctaaagctaaagtaaattgcagaataacttttatgtatggctaacatttgatgtttgtcttttcagTTTTTTGAGCATGGGACTGCATCCCAAATAAGGGAACTGGCTGACCAACTCACTGGGCATGTATTAACCCTTAGCCTTCAAATGTATGGCTGTCGAGTAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g02000.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161715080|gb|FC062734.1|FC062734
EST:     AAGCCCTTTCTCTAATGACTGATGTCTTTGGTAACTATGTGATCCAGAAG                         TTTTTTGAGCATGGGACTGCATCCCAAATAAGGGAACTGGCTGACCAACTC
genomic: AAGCCCTTTCTCTAATGACTGATGTCTTTGGTAACTATGTGATCCAGAAGgtagcttggt ... gtcttttcagTTTTTTGAGCATGGGACTGCATCCCAAATAAGGGAACTGGCTGACCAACTC
EST: gi|161719655|gb|FC069413.1|FC069413
EST:     AAGCCCTTTCTCTAATGACTGATGTCTTTGGTAACTATGTGATCCAGAAG                         TTTTTTGAGCATGGGACTGCATCCCAAATAAGGGAACTGGCTGACCAACTC
genomic: AAGCCCTTTCTCTAATGACTGATGTCTTTGGTAACTATGTGATCCAGAAGgtagcttggt ... gtcttttcagTTTTTTGAGCATGGGACTGCATCCCAAATAAGGGAACTGGCTGACCAACTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaaattgcagaataacttttatgtatggctaacatttgatgtttgtcttttcagTTTTTTGAGCATGGGACTGCATCCCAAATAAGGGAACTGGCTGACCAACTCACTGGGCATGTATTAACCCTTAGCCTTCAAATGTATGGCTGTCGAGTAA
                                          tttgtcttttc  CT-rich tract
           aataacttttatgtat  TA-rich tract