1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttctccatgtgttttatgcctataatcatatgtacagtttacaactaaattcattgtcaaagaacttatgaactcttttctttgattccttttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGTGGTCAAGCACGGGGTCTTACATGGTTCATTCCTTCTGATGACCCTACC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0028g01600.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|27755067|gb|CB035822.1|CB035822
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|30133208|gb|CB918547.1|CB918547
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: GGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|225387946|gb|GO307577.1|GO307577
genomic: GGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|110720623|gb|EE096705.1|EE096705
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|71878458|gb|DT027513.1|DT027513
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|27578510|gb|CB001205.1|CB001205
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCCCCCTGATCCCTCGEST: gi|18459445|gb|BM437723.1|BM437723
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|30127069|gb|CB912408.1|CB912408
genomic: AAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: GAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|30131049|gb|CB916388.1|CB916388
genomic: GAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|161709720|gb|FC060186.1|FC060186
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCEST: gi|71880691|gb|DT029746.1|DT029746
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGC
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|30134559|gb|CB919897.1|CB919897
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|30125248|gb|CB910587.1|CB910587
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: GGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|30131618|gb|CB916957.1|CB916957
genomic: GGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|110367326|gb|EC931256.1|EC931256
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCTGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|30138067|gb|CB923405.1|CB923405
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|28966087|gb|CB345120.1|CB345120
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCTGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCTTCGEST: gi|27579864|gb|CB002559.1|CB002559
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|30128912|gb|CB914251.1|CB914251
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|37187954|gb|CF607305.1|CF607305
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGEST: gi|30134949|gb|CB920287.1|CB920287
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAG
EST: GGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|71879483|gb|DT028538.1|DT028538
genomic: GGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|29785371|gb|CB342295.2|CB342295
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGAACCCTCGEST: gi|71880872|gb|DT029927.1|DT029927
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|110360382|gb|EC923440.1|EC923440
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTGGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCTGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGEST: gi|30136898|gb|CB922236.1|CB922236
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
EST: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGG AACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
genomic: AAGAGCAAGAGTCTGGTGGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCATATGTGGgtaagtgaaa ... tttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCG
taaattcattgtcaaagaacttatgaactcttttctttgattccttttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGTGGTCAAGCACGGGGTCTTACATGGTTCATTCCTTCTGATGACCCTACC
ctcttttctttgattc CT-rich tract
ttttcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctccatgtgttttatgcctataatcatatgtacagtttacaactaaattcattgtcaaagaacttatgaactcttttctttgattccttttcttgcagAACTTTGACCCCAGGACACGATGCCGTTCAGAAAGTCACCCTGATCCCTCGTGGTCAAGCACGGGGTCTTACATGGTTCATTCCTTCTGATGACCCTACC
- ctccatg
- - - - - - - tatgcct
- - - - - - - - - - - - - - tatgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aactaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaagaa