1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtacatttatatgggctcaaaactgattcacccatcttgcattttagctgctaatcaacctatgaacacgcacacatatgaacatttgatgagtaggtagtacattgtgacagagcacatattatgggcctttctgtatcatgaatatataaacacttccacatgttaataattttctttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGATACAACAGCTTTGATGAGCTCTATCTGTACTGCTATTATGTTGCTGGAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0028g00960.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGAEST: gi|110712808|gb|EE088180.1|EE088180
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGA
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGA-AAAATCAAGAEST: gi|29785566|gb|CB342702.2|CB342702
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGA
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGGTTGGACCTGATAAAATCAAGAEST: gi|110716794|gb|EE092085.1|EE092085
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGA
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGAEST: gi|351029870|gb|FQ427710.1|FQ427710
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGA
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGAEST: gi|351027652|gb|FQ446819.1|FQ446819
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGA
EST: TGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGGCAA-GTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAAGAATGAGGTTGGACCTEST: gi|349828503|gb|FQ417245.1|FQ417245
genomic: TGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTG-CAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCT
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCCTTCAT-GACATGATAGAAGGAATEST: gi|349830020|gb|FQ420280.1|FQ420280
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCC-TTCAAAGACATGATAGAAGGAAT
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGAEST: gi|110382672|gb|EC946989.1|EC946989
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGA
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGGTTGGACCTGAGAAAATCAAGAEST: gi|28959461|gb|CB339731.1|CB339731
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGA
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGGTTGGACCTGAGAAAATCAAGAEST: gi|349822698|gb|FQ412962.1|FQ412962
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGA
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGAEST: gi|349824582|gb|FQ413249.1|FQ413249
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGA
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGAEST: gi|29785565|gb|CB342700.2|CB342700
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGA
EST: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGGAT-GGACCTGAGAAAATCAAGEST: gi|28958977|gb|CB339489.1|CB339489
genomic: ATGATGCTGCTCTATCGGATACTGTTGCAAAGTACCCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAG-ATTGGACCTGAGAAAATCAAG
EST: CCTGTTGATGTACAG CCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGGTTGGACCTGAGAAAATCAAGA
genomic: CCTGTTGATGTACAGgtacatttat ... ttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGA
ctgtatcatgaatatataaacacttccacatgttaataattttctttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGATACAACAGCTTTGATGAGCTCTATCTGTACTGCTATTATGTTGCTGGAA
tgttaat putative branch site (score: 3)
ttttctttttatgc putative PPT
acatgttaataatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacatttatatgggctcaaaactgattcacccatcttgcattttagctgctaatcaacctatgaacacgcacacatatgaacatttgatgagtaggtagtacattgtgacagagcacatattatgggcctttctgtatcatgaatatataaacacttccacatgttaataattttctttttatgcagCCCTTCAAAGACATGATAGAAGGAATGAGATTGGACCTGAGAAAATCAAGATACAACAGCTTTGATGAGCTCTATCTGTACTGCTATTATGTTGCTGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA