Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtaagatgcctttgtttaatggcaaaggtgcaatgtgctctagttctcactgctcatacaagtgaagggttttgattggttgttgtttcctttgattagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g01460.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g36020.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
tgtaagatgcctttgtttaatggcaaaggtgcaatgtgctcta---gttctcactgctcatacaagtgaagggttttgattggttgttgtttcctttg---attagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC
| || ||| || | | || | | | || |||| | | ||| | || | || || | || ||| || ||| || || || || |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| | |||||||| || ||||||||||| ||||| |||| ||| |
------cttgctgtgtctacctacccatgttaactctcgattaagtgttcccttttctctcgcttgtttgacaatgtgcttactagtgagttctgatgcatgatagCCGTGAGATATTCAACAAATGGCAAGCGCAAAGATGGTGGGCCGAAAATTATGAGAAAGTCATGGAGCTTTACAATGTTCAGAGGTTCAACCAGCAAACT

upper sequence: Vv11s0016g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G429658_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
--tgtaagatgcctttgtttaatggcaaaggtgcaatgtgctctagttctc--actgctcatacaagtgaagggttttgattggttgttgtttcctttgattagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC
| | ||| | || | | || | | | || |||||| | | ||| || | |||| ||| || | | || |||| || || || || |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || | |||||||| |||||||| || |||||||||| | |
ttactgatatggatgtgcatgcttgctcatctatt-tatgtagcagttctttgaataaccatttggttgtctgctttt--ttgcacgtaatggtgtatg-ttagCCGTGAGATATTCAACAAATGGCAAGCACAAAGGTGGTGGGCTGAAAATTATGACAGAATTATGGAACTTTACAATGTGCAGAGGTTTAACCAAACTGTC

upper sequence: Vv11s0016g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G037941_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
tgtaagatgcctttgtttaatggcaaaggtgcaatgtgctctagttctcactgctcat-acaagtgaagggttttgattg-gttgttgtttcctttgatta----------gTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC
| | || | || || ||| | |||| || || |||| | | |||| ||| ||| | | | | || || | || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| | || ||||| || | ||||||||| || ||||| ||||| | || |||| | ||||
------------gtttcaggtgacgaaagtacaaactaagtgttttctgtatgacaatgacaacttaccagtttctgttgtgttccttcatgcatggactaatgcataatagCCGTGAAATGTTCAACAAATGGCAAGCACAAAGATGGTGGACTGAAAATTACGAGAAGGTCATGGAGCTTTACAACGTTCAGAAGTCTAACAGTCAAGTT

upper sequence: Vv11s0016g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA17G05900.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
----tgtaagatgcctttgtttaatggcaaaggtgcaatgtgctctagttctcactgctcatacaagtgaa--gggttttgattggttgttgtttcctttgattagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC
| | ||| || | ||||| | || || | || | | ||| | | ||||||| | ||||| || | || | | | || ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
aatgccaatggtgctttgttctaatgcacatagttca-tatgatgacatcaggactag--agagaagtgaattgaattttggtt---tattttctattatgtatagTCGAGAGATGTTCAATAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAACTACGACAAGGTTATGGAACTTTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCA

upper sequence: Vv11s0016g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G16800.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-tgtaagatgcctttgtttaatggcaaaggtgcaatgtgctctagttctcactgctc-atacaagtgaa--gggttttgattggttgttgtttcctttgattagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC
| | ||| || | ||||| | || || | || | | || || | | ||||||| | ||||| || | || | | | || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
gccaatggtgctttgttctaatgcatatagttca-tatgatgacatcaggacgactagagagaagtgaattgaattttggtt---tattttctattatgtacagTCGAGAGATGTTCAATAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAACTACGACAAAGTTATGGAACTTTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCA

upper sequence: Vv11s0016g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA15G18980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
tgtaagatgcctttgtttaatggcaaaggtgcaatgtgc---tcta-gttctcactgctcatacaa-gtgaagggtt-----ttgattggttgttg--tttcctttgattagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC
||||| | | |||| | |||| | || | ||| | | | ||||| | ||| | || ||| | | ||| ||| | || |||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||
------------ttgttcatttccaaaattctgatgtacgtgtcaatgttattatagttcatatgatatgatgacttaacaactgaattatggtttatttttttatgtatagTCGCGAGATATTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGATGGTGGGCAGAGAACTATGACAAGGTGATGGAACTTTACAATGTTCAAAGGCTTGATCGCCAAGCT

upper sequence: Vv11s0016g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G07930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
tgtaagatgcctttgtttaatggcaaaggtgcaat-gtgctctagttctcactgctcatacaagtgaagggt---tttgattggttgttgtttcctttgattagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC
| | || | | | || | | || || | | | | | || | |||| ||| ||| | ||| || | | | || ||| || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||| |||||| |||| || |||||
---attaattattagctaggatggttagttacgatagttcatatgatatgatgactta-acaactgagtggtgaactaaattaaggtttatattttatgtatagCCGTGAGATATTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGATGGTGGGCAGAGAACTATGACAAGGTGATGGAACTTTACAATGTGCAAAGGCTTAATCGTCAAGCT

upper sequence: Vv11s0016g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G20540.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
tgtaagatgcctttgtttaatggcaaaggtgcaatgtgctctag-ttctcactgctcatacaagtgaagggttttgattggttgttgttt-cctttgattagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC
|||| | || | | | ||| || | || || || | | || | | | | | ||||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||| | ||||||||| | ||||||||||| || ||||| | || |||||||| ||||||||||||| | | |||||||||
-gtaacttaatcatgaccttttcctagta-gcagcttgaagaaaattaacatgtttccaaaatgtatttgtgtctcactttttgttttgggtttttgattagCCGAGACATGTTCAACAAGTTACAAGCTCAACGATGGTGGGCAGATAACTATGACAAAGTAATGGAACTTTACAATGTTCAAAAACTAAGCCGCCAAGCT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110424952|gb|EC991327.1|EC991327
EST:     TTCGTCTCCCTTCCCCGTGGAGGGAACGATCTCAAGCGCATTCGGTTCAG                         TCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTA
genomic: TTCGTCTCCCTTCCCCGTGGAGGGAACGATCTCAAGCGCATTCGGTTCAGgtacttctgt ... ctttgattagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctcactgctcatacaagtgaagggttttgattggttgttgtttcctttgattagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC
                                   ttgttgtttccttt  CT-rich tract
 ttttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtaagatgcctttgtttaatggcaaaggtgcaatgtgctctagttctcactgctcatacaagtgaagggttttgattggttgttgtttcctttgattagTCGAGAAATGTTTAACAAATGGCAAGCTCAAAGGTGGTGGGCAGAGAATTATGATAGGGTCATGGAACTCTACAATGTTCAAAGGTTTAACCGCCAAGCC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - -gatgcct
- - - - - - - - - aatggca
- - - - - - - - - - - - - - - -caatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctcata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgattgg