Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagtgttaacacttgccacacttagcaatgtggattagtcacgatctgtttcatggctgttcgagccctaatttgccttctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g01380.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
aagtgttaacacttgccacacttagcaatgtggattagtcacgatc-----tgtttcatggctgttcgagccctaatttgccttctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG
      ||  | |||  |||  ||  | |||   ||   | |  |        | | ||   | |  | |      ||| | || ||    || |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| || |||||||| |||
---aactagtaattga-acatatactattgttcttttcccccccttgcacgaatgtgatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaaact-tcctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG

upper sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G26890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
aagtgttaacacttgccacacttagcaatgtggattagtcacgatctgtttcatggctgttc------gagccctaatttgccttctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG
      ||  | |||  |||  ||  | |||   ||  || |  | ||    |  | | ||       | |      ||| | || ||    || | || ||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| || |||||||| |||
----actagtaattga-acaaatactattgttcttttttccccctttgcacgaatgttatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaaact-ttctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG

upper sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-aagtgttaacacttgccacacttagcaatgtggattagtcacgatctgtttcatggctgttcgagccctaatttgcct-tctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG
   || || | | || ||     ||    |||| ||      |  ||||  ||   |  |    |    |||| |   | | |  |        ||||| ||||| |||||||||||||| |||||  | |||||||||||||| || ||||| |||
ggtgtttttaaattttccttgtctatttgtgtgaatacaattct-tctgcatccctgtagca-aaattataatctctatgtatcttaaactatttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG

upper sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
aagtgttaacacttgccacacttagcaatgtggattagtcacgatctgtttcatggctgt--tcgagccctaatttgcct-tctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG
   | ||  | |||       | |    | |  || | |     |||  | ||| |||||     |    |||| |   | | |  |        | ||| ||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||||||| || ||||| ||||||
---tcttttctcttttttttttaaaatttttttatgaatacaattcttctgcattgctgtggcaaaattataatctctatatatcttaaactatttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG

upper sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G31610.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
----aagtgttaacacttgccacacttagcaatgtggattagtcacgatctgtttcatggctgttcgagccctaatttgccttctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG---------------------------------------------
     | || | | || |       |   ||| |    |   || |  | | |  | ||    |   | || |||| |  |   ||||   | |  |||   |||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||||                                             
aacacactgatgatacataatgtg-tcgacaaggctattgcatctcttttt-tcacttgaacttctcatccttaatattgcaa-tggtatatttgatatac-agGGCCTGTTATGGTGTTTTGAGATTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGTGAGGTCATCGTGAGTGGAAAGCTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCCATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33402276|gb|CF207903.1|CF207903
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|351015000|gb|FQ444289.1|FQ444289
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|110715060|gb|EE092677.1|EE092677
EST:     ACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: ACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|26263028|gb|CA814091.1|CA814091
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGTTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|26261974|gb|CA813037.1|CA813037
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|349832316|gb|FQ420877.1|FQ420877
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|71869842|gb|DT018897.1|DT018897
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|351043060|gb|FQ443902.1|FQ443902
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|110712407|gb|EE089992.1|EE089992
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|37184104|gb|CF603458.1|CF603458
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|26267581|gb|CA818644.1|CA818644
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|351025652|gb|FQ426666.1|FQ426666
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|34546837|gb|CF515069.1|CF515069
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|33402357|gb|CF207984.1|CF207984
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|110389857|gb|EC954729.1|EC954729
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|34546658|gb|CF514890.1|CF514890
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|33402921|gb|CF208548.1|CF208548
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|110684969|gb|EE062852.1|EE062852
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|110687640|gb|EE065280.1|EE065280
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|34319185|gb|CF371939.1|CF371939
EST:     TGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: TGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|110360898|gb|EC924341.1|EC924341
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|110425974|gb|EC992370.1|EC992370
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
EST: gi|37184006|gb|CF603360.1|CF603360
EST:     CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCCGAATCGCTACGGTACAAGCTCCTTGGAGGCCTTGCCGTTCGCAGgtatacaaat ... cctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtttcatggctgttcgagccctaatttgccttctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG
                    ccctaat  putative branch site (score: 3)
                                            tcctatttt  putative PPT
                                               tatttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aagtgttaacacttgccacacttagcaatgtggattagtcacgatctgtttcatggctgttcgagccctaatttgccttctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - -ccacact
- - - - - - - - - - - - -caatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgctgt