Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaatcttctcagtctttctctgtctccattaaatttaatgtgtaaaaaaattgaacaaatttgccatttaaacagttgaggtgggtcattttggatgtaaaaatggaattttttagttaatttgttttcctgaactttttgcagGAGGCTTAATAAAAATTACTTCACTGGGCCTTTGCCTTTATTTATTGCAAATTTATCTCAAATGCAGTTCAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0092g00710.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161720029|gb|FC067747.1|FC067747
EST:     ACAGGATTAATTCCAGAGGAGCTCACAGCACTAACTTTTCTTAGTGATTT                         GAGGCTTAATAAAAATTACTTCACTGGGCCTTTGCCTTTATTTATTGCAAA
genomic: ACAGGATTAATTCCAGAGGAGCTCACAGCACTAACTTTTCTTAGTGATTTgtaagaatct ... ctttttgcagGAGGCTTAATAAAAATTACTTCACTGGGCCTTTGCCTTTATTTATTGCAAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttggatgtaaaaatggaattttttagttaatttgttttcctgaactttttgcagGAGGCTTAATAAAAATTACTTCACTGGGCCTTTGCCTTTATTTATTGCAAATTTATCTCAAATGCAGTTCAT
                         agttaat  putative branch site (score: 4)
                                             ctttttgc  putative PPT
     atgtaaaaatggaatt  TA-rich tract