Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctccacatttgcattactgaaataattagaagatagcattatttgcatcatagattcactctttaatcattctaaggatctaaatttcttgccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGGTCTCTATTATGCCAGTGGGCAAATGCCCTTGGCGCCACTGTAATTGGAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g08480.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0002g08480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA12G36990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ctccacatttgcatta--ctgaaataattagaagatagcattatttgcatcatagattcactctttaatcattctaaggatctaaatttcttgccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGGTCTCTATTATGCCAGTGGGCAAATGCCCTTGGCGCCACTGTAATTGGAA
 |  |    ||| |||  ||||||  | |  |   |  ||| |||||   | ||| || ||  || |   | ||        |  |  | |     || ||||||||||| || || | | | |||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||
gtgaattcatgctttatcctgaaaccaatgcattttctcataatttgtccc-tagcttgacaattaacagactcatcactcatgtacatatcatt-ttacagGTTGAACCCGGTCATACAATTCTTGTCCATGCAGCAGCTGGCGGAGTTGGATCCCTATTGTGTCAGTGGGCAAATGCTCTTGGTGCAACTGTTATAGGAA

upper sequence: Vv09s0002g08480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G61510.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
------------------------------------------------------ctccacatttgcat---tactgaaataattagaagatagcattatttgcatcatagattcactctttaatcattctaaggatctaaatttcttgccatttc---agGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGGTCTCTATTATGCCAGTGGGCAAATGCCCTTGGCGCCACTGTAATTGGAA
                                                       |     | | | |   |  ||||   | ||||   | |   |||| |   | |   |  |   | || ||| | || |  || |    | ||   ||||    |||| |||||||| |||| | ||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| || || || ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
gttagttttcattcctatttctaggaagttattaataagaagaccaagagcaggatttgtgtcttcttgcctgttgaacagagtagagttttgttatattggtcgcgtttttcaaagatctattcactatatgactcaagtcctatttgtatttggaaagGTCGAACCTGGGCACACAATCCTTGTTCATGCTGCAGCTGGTGGAGTTGGGTCTCTGTTGTGTCAATGGGCAAATGCGCTTGGAGCCACTGTGATTGGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351045807|gb|FQ440992.1|FQ440992
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351032149|gb|FQ460406.1|FQ460406
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351035816|gb|FQ463661.1|FQ463661
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCACGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351054048|gb|FQ441814.1|FQ441814
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351053731|gb|FQ441497.1|FQ441497
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351047232|gb|FQ454843.1|FQ454843
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCACGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351035068|gb|FQ458425.1|FQ458425
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351057094|gb|FQ450801.1|FQ450801
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGACCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351032442|gb|FQ458807.1|FQ458807
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351035596|gb|FQ463441.1|FQ463441
EST:     TCATGCTTAAG--TATGACAGTTCACTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351055356|gb|FQ441954.1|FQ441954
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351046818|gb|FQ454428.1|FQ454428
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351035928|gb|FQ463773.1|FQ463773
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCACGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351046011|gb|FQ441394.1|FQ441394
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351042210|gb|FQ442677.1|FQ442677
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351038021|gb|FQ460763.1|FQ460763
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|71888775|gb|DT037830.1|DT037830
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351035096|gb|FQ458453.1|FQ458453
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351031928|gb|FQ460185.1|FQ460185
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351042201|gb|FQ442668.1|FQ442668
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|349808218|gb|FQ403405.1|FQ403405
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351044422|gb|FQ442953.1|FQ442953
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351034896|gb|FQ458253.1|FQ458253
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAACAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|110699271|gb|EE076123.1|EE076123
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTCGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|352789828|gb|FQ478643.1|FQ478643
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351053674|gb|FQ440183.1|FQ440183
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|352798966|gb|FQ480815.1|FQ480815
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|349828369|gb|FQ416322.1|FQ416322
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAACTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|33403792|gb|CF209419.1|CF209419
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|349812535|gb|FQ407154.1|FQ407154
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|349832934|gb|FQ423056.1|FQ423056
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|110724513|gb|EE100407.1|EE100407
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTCGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|349824576|gb|FQ413243.1|FQ413243
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|349819399|gb|FQ412293.1|FQ412293
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG
EST: gi|351032220|gb|FQ460477.1|FQ460477
EST:     TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCTGCCGCTGCTTCAAG                         GTTGAACCTGGGCACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAACTGGTGGAGTTGGG
genomic: TCATGCTTAAGGGTATGACAGTTCATTATCTTGTCCGCCGCTGCTTCAAGgtaggttaaa ... gccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catcatagattcactctttaatcattctaaggatctaaatttcttgccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGGTCTCTATTATGCCAGTGGGCAAATGCCCTTGGCGCCACTGTAATTGGAA
                                atctaaa  putative branch site (score: 3)
                                       tttcttgccatttc  CT-rich tract
                tttaatcattctaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctccacatttgcattactgaaataattagaagatagcattatttgcatcatagattcactctttaatcattctaaggatctaaatttcttgccatttcagGTTGAACCTGGACACATAGTCCTTGTCCATGCAGCAGCTGGTGGAATTGGGTCTCTATTATGCCAGTGGGCAAATGCCCTTGGCGCCACTGTAATTGGAA

ctccaca
- - - - - - - - - gaaataa
- - - - - - - - - - - - - -agaagata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatca