1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gtcttcatgcttgtggtatcttatatcagactgcccataatcccatactgtccttgtttgaactgtttaatttgacaatttgctgtctaatgatttgcagGCTGATCTGTTGGGGAACCCGGTGGTTAGACCAGCTGATATAGAGACAACAGCTCTTGGAGCCGCTTATGCAGCTGGATTAGCAGTGGGGATTTGGACAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0002g07860.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAGAGTTGATGGTGGTGCAACCATTAACAATCTTTTGATGCAAATTCAG GCTGATCTGTTGGGGAACCCGGTGGTTAGACCAGCTGATATAGAGACAACAEST: gi|30132263|gb|CB917602.1|CB917602
genomic: TTAGAGTTGATGGTGGTGCAACCATTAACAATCTTTTGATGCAAATTCAGgttcgtattt ... tgatttgcagGCTGATCTGTTGGGGAACCCGGTGGTTAGACCAGCTGATATAGAGACAACA
EST: TTAGAGTTGATGGTGGTGCAACCATTAACAATCTTTTGATGCAAATTCAG GCTGATCTGTTGGGGAACCCGGTGGTTAGACCAGCTGATATAGAGACAACA
genomic: TTAGAGTTGATGGTGGTGCAACCATTAACAATCTTTTGATGCAAATTCAGgttcgtattt ... tgatttgcagGCTGATCTGTTGGGGAACCCGGTGGTTAGACCAGCTGATATAGAGACAACA
tactgtccttgtttgaactgtttaatttgacaatttgctgtctaatgatttgcagGCTGATCTGTTGGGGAACCCGGTGGTTAGACCAGCTGATATAGAGACAACAGCTCTTGGAGCCGCTTATGCAGCTGGATTAGCAGTGGGGATTTGGACAG
gtctaat putative branch site (score: 3)
tttaatttgacaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcttcatgcttgtggtatcttatatcagactgcccataatcccatactgtccttgtttgaactgtttaatttgacaatttgctgtctaatgatttgcagGCTGATCTGTTGGGGAACCCGGTGGTTAGACCAGCTGATATAGAGACAACAGCTCTTGGAGCCGCTTATGCAGCTGGATTAGCAGTGGGGATTTGGACAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - tcatgct
- - - - - - - - - - - - - - -actgccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccatac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgtc