1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...taaaactaaagttgattacatgatagattggatcttgggcatacatttatccccaacacttgacaaatagaaccaagagttcctcaagcagtttgcgaagACACAAGCATCTCAGTCAAAGACACAGGAGAGACCTACTTGAGCTTCACCAAATTCGTCAGAATAGGCAAAATGAAATATACAAAGAAGCCCTTCAAAAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0002g03920.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tttatccccaacacttgacaaatagaaccaagagttcctcaagcagtttgcgaagACACAAGCATCTCAGTCAAAGACACAGGAGAGACCTACTTGAGCTTCACCAAATTCGTCAGAATAGGCAAAATGAAATATACAAAGAAGCCCTTCAAAAT
acttgac putative branch site (score: 4)
aaatagaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaaactaaagttgattacatgatagattggatcttgggcatacatttatccccaacacttgacaaatagaaccaagagttcctcaagcagtttgcgaagACACAAGCATCTCAGTCAAAGACACAGGAGAGACCTACTTGAGCTTCACCAAATTCGTCAGAATAGGCAAAATGAAATATACAAAGAAGCCCTTCAAAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- aaactaa
- - - - - - - -ttacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcataca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcaagc