1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagcactgttaaagctatttctttttagtatgggttatctatgcttatggttataaaagttgaaaccaagcagtatgacaggcttttattgatgagtttttatttaaatatagTGATTTGGGTTGCCACATAGATGGGTTCATTGCAGTAGTTGCGCACACTCATGTTCTTCAGGGAGGGCCAGTGATGGGTAGAGCAGCTGATGTTCTTGCA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0217g00020.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCCTTGCCAGTGACGAGACAGTGTTGGAAGATGGTGATATGTTAAAAAT TGATTTGGGTTGCCACATAGATGGGTTCATTGCAGTAGTTGCGCACACTCAEST: gi|22007317|gb|BQ792351.1|BQ792351
genomic: CCCCTTGCCAGTGACGAGACAGTGTTGGAAGATGGTGATATGTTAAAAATgtaagcactg ... ttaaatatagTGATTTGGGTTGCCACATAGATGGGTTCATTGCAGTAGTTGCGCACACTCA
EST: CCCCTTGCCAGTGACGAGACAGTGTTGGAAGATGGTGATATGTTAAAAAT TGATTTGGGTTGCCACATAGATGGGTTCATTGCAGTAGTTGCGCACACTCA
genomic: CCCCTTGCCAGTGACGAGACAGTGTTGGAAGATGGTGATATGTTAAAAATgtaagcactg ... ttaaatatagTGATTTGGGTTGCCACATAGATGGGTTCATTGCAGTAGTTGCGCACACTCA
gttgaaaccaagcagtatgacaggcttttattgatgagtttttatttaaatatagTGATTTGGGTTGCCACATAGATGGGTTCATTGCAGTAGTTGCGCACACTCATGTTCTTCAGGGAGGGCCAGTGATGGGTAGAGCAGCTGATGTTCTTGCA
tattgat putative branch site (score: 3)
tttttattt putative PPT
ttttattgatgagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcactgttaaagctatttctttttagtatgggttatctatgcttatggttataaaagttgaaaccaagcagtatgacaggcttttattgatgagtttttatttaaatatagTGATTTGGGTTGCCACATAGATGGGTTCATTGCAGTAGTTGCGCACACTCATGTTCTTCAGGGAGGGCCAGTGATGGGTAGAGCAGCTGATGTTCTTGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT