1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atttgataaaactgatacagtttttccaatcaaatcttaaatgaaaagctgtaactaatacatgttcaatgacataagcttgtgtttcatttgtttttagGGCCAAGGTTACTCCTTACCAGCAGATATACAATATGTTGATGCAAGGTGGGAGATCCCTGTAGTGCTTCCACTTCGTGACTGTCTTGCACAAGAGCTGA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g08560.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aagctgtaactaatacatgttcaatgacataagcttgtgtttcatttgtttttagGGCCAAGGTTACTCCTTACCAGCAGATATACAATATGTTGATGCAAGGTGGGAGATCCCTGTAGTGCTTCCACTTCGTGACTGTCTTGCACAAGAGCTGA
aactaat putative branch site (score: 2)
tttcatttgttttt putative PPT
tttcatttgttttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atttgataaaactgatacagtttttccaatcaaatcttaaatgaaaagctgtaactaatacatgttcaatgacataagcttgtgtttcatttgtttttagGGCCAAGGTTACTCCTTACCAGCAGATATACAATATGTTGATGCAAGGTGGGAGATCCCTGTAGTGCTTCCACTTCGTGACTGTCTTGCACAAGAGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - gataaaa
- - - - - -ctgatac
- - - - - - - - - - - - -ccaatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aactaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgtg