Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgaatatgaaaaccttttgttttgtatgttcttttttaatggcatttgagggcacaaatgtgtccataagaattgatgatatctattgatcaggaagtgtgcatcttatttctcaatttttttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATGTACAAAAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g07960.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0007g07960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA19G32480.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaagtgaatatgaaaaccttttgttttgtatgttcttttttaatggcatttgagggcacaaatgtgtccataagaattgatgatatctat-tgatcaggaagtgtgcatct-tatttctcaatttttttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATGTACAAAAAG
                                    |  || ||     ||  | |    ||  ||  |  | || ||  |   || | |  ||  |  ||  | | || |     |||    ||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||| | || ||||| || ||||| |||||||| |||
------------------------------------tacttaaaaaatgttaaatgctgtaagggtagcattcaggat--actttagccacatgtccttgacatctacaacaactcttcattttttttttaaaatcagGACCTTGCTGGAGATGTTGTTCAGAATCTTCAAGAGTTCTTTAGAACAATGTACAAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351015510|gb|FQ447339.1|FQ447339
EST:     ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAAACTGGTTGTGTTGATGATGCT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
EST: gi|349825564|gb|FQ419481.1|FQ419481
EST:     ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAAACTGGTTGTGTTGATGATGCT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
EST: gi|30297223|gb|CB974017.1|CB974017
EST:     CTATGATCAGACTGGTTGTGTTGACGATGCT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: CTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
EST: gi|352794289|gb|FQ479531.1|FQ479531
EST:     ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGTT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
EST: gi|351028672|gb|FQ446345.1|FQ446345
EST:     ATGGAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
EST: gi|351054628|gb|FQ456825.1|FQ456825
EST:     ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
EST: gi|110686833|gb|EE063714.1|EE063714
EST:     ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
EST: gi|349827514|gb|FQ422382.1|FQ422382
EST:     ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
EST: gi|351048863|gb|FQ431528.1|FQ431528
EST:     ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
EST: gi|351023284|gb|FQ432667.1|FQ432667
EST:     ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
EST: gi|351040488|gb|FQ434621.1|FQ434621
EST:     ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGTT                         GACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG
genomic: ATGAAGAGAAAAGGGCACTCTATGATCAGACTGGTTGTGTTGATGATGCTgtaagtgaat ... ttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatatctattgatcaggaagtgtgcatcttatttctcaatttttttatgatcagGACCTTGCTGGTGAAGTTGTTCAGAATTTGCATGAGTTTTTCAGAACCATGTACAAAAAG
       tattgat  putative branch site (score: 3)
                                tttctcaattttttt  putative PPT
                          atcttatttctcaatt  TA-rich tract