1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aaacaaacatgttggttcctgttgtaatataccattctgggaatagacatcagaactttgatcctcttctcatttgcattgatgcttttatggtaattagGTGGAGTACATGCTGCAATGGTTGGATCTCTGCACCCCACCCCTGTTGCTACCCTTCCTTTTCTCTCTCCACACTCTGCTGTTGTGGCATTCTGTGAAGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g07700.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGACTCTGAAGCAGGGTTTGGCAAGATGGGTGTCTGTGGACTTAGCATGG GCGGAGTACATGCTGCAATGGTTGGATCACTGCACCCCACCCCTGTTGCTAEST: gi|110367774|gb|EC931725.1|EC931725
genomic: AGACTCTGAAGCAGGGTTTGGCAAGATGGGTGTCTGTGGACTTAGCATGGgtaagattca ... tggtaattagGTGGAGTACATGCTGCAATGGTTGGATCTCTGCACCCCACCCCTGTTGCTA
EST: AGACTCTGAAGCAGGGTTTGGCAAGATGGGTGTCTGTGGACTTAGCATGG GCGGAGTACATGCTGCAATGGTTGGATCACTGCACCCCACCCCTGTTGCTAEST: gi|33407416|gb|CF213043.1|CF213043
genomic: AGACTCTGAAGCAGGGTTTGGCAAGATGGGTGTCTGTGGACTTAGCATGGgtaagattca ... tggtaattagGTGGAGTACATGCTGCAATGGTTGGATCTCTGCACCCCACCCCTGTTGCTA
EST: AGGGTTTGGCAAGATGGGTGTCTGTGGACTTAGCATGG GCGGAGTACATGC-GATAATGGTTGGATCACTGCACCCCACCCCTGTTGCTEST: gi|110733119|gb|EE109032.1|EE109032
genomic: AGGGTTTGGCAAGATGGGTGTCTGTGGACTTAGCATGGgtaagattca ... tggtaattagGTGGAGTACATGCTG-CAATGGTTGGATCTCTGCACCCCACCCCTGTTGCT
EST: AGACTCTGAAACAGGGTTTGGCAAGATGGGTGTCTGTGGACTTAGCATGG GCGGAGTACATGCTGCAATGGTTGGATCTCTGCACCCCACCCCTGTTGCTA
genomic: AGACTCTGAAGCAGGGTTTGGCAAGATGGGTGTCTGTGGACTTAGCATGGgtaagattca ... tggtaattagGTGGAGTACATGCTGCAATGGTTGGATCTCTGCACCCCACCCCTGTTGCTA
gacatcagaactttgatcctcttctcatttgcattgatgcttttatggtaattagGTGGAGTACATGCTGCAATGGTTGGATCTCTGCACCCCACCCCTGTTGCTACCCTTCCTTTTCTCTCTCCACACTCTGCTGTTGTGGCATTCTGTGAAGG
cattgat putative branch site (score: 4)
cttttat CT-rich tract
ttttatggtaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaacaaacatgttggttcctgttgtaatataccattctgggaatagacatcagaactttgatcctcttctcatttgcattgatgcttttatggtaattagGTGGAGTACATGCTGCAATGGTTGGATCTCTGCACCCCACCCCTGTTGCTACCCTTCCTTTTCTCTCTCCACACTCTGCTGTTGTGGCATTCTGTGAAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
aaacaaa
- - - -catgttg
- - - - - - - - -cctgttg
- - - - - - - - - - - - - - - -ccattct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaataga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcattg