Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggcaatgggggcctgtttccttgagcagtgaatgatgtcctccccttctatgaactcttaatggcttttcacgttgtattacaatcttttttcatctgttttacattttcctttcctctttcaattatattctgttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCGTCAAGCTGTTGATATCTCCCCTTTGAGACGCATCAATCAAGCTATCTAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g07220.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0007g07220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA02G26840.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatggcaatgggggcctgtttccttgagcagtgaatgatgtcctccccttctatga-actcttaatggcttttcacgttgtattacaatcttttttcatctgttttacattttcctttcctctttcaattatattctgttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCGTCAAGCTGTTGATATCTCCCCTTTGAGACGCATCAATCAAGCTATCTAT
                                            |||  |||| |||  || ||| |   |    |  | |  ||||      |||| |  | |  |   || ||        ||  |  | | ||   ||  |  ||||| ||  | |||||||||||| ||||||| || ||||| || |||||| | || |||||||||||||| ||  |  ||||  | ||||| ||||| |||
------------------------------------------attccagttctttgatgcttttattatttaaatatatggagttac------ttttaaattttaatgttttatctgacttggttgtatgtgtttttcatttatgtagTGGTCCCCGTGAAGATGCAACTAGAATTGGTTCTGCTGGAGTGGTGAGGAGACAGGCTGTTGATATCTCACCCCTTCGACGTGTTAATCAGGCTATATAT

upper sequence: Vv08s0007g07220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ18003 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtatggcaatgggggcctgtttccttgagcagtgaatgatgtcctccccttctatgaactcttaatggcttttcacgttgtattacaatcttttttcatctgttttacattttcctttcctctttcaattatattctgttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCGTCAAGCTGTTGATATCTCCCCTTTGAGACGCATCAATCAAGCTATCTAT
                                                                               |||| | |   |    | | | |  || ||      |||    |||    | | |||| ||  | |||||| ||  | |||||||| || || ||||| || ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| || || || 
-------------------------------------------------------------------------------gtat-agaggttcaagtgagcaggattccaggacagttttggattttctctct-ttctctt--tgcagTGGTCCTCGCGAAGATGCTACCCGTATTGGTTCCGCTGGTGTTATCAGGCGTCAGGCTGTGGATATCTCCCCTTTGAGGCGTGTCAATCAGGCGATTTAC

upper sequence: Vv08s0007g07220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ17708 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtatggcaatgggggcctgtttccttgagcagtgaatgatgtcctccccttctatgaactcttaatggcttttcacgttgtattacaatcttttttcatctgttttacattttcctttcctctttcaattatattctgttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCGTCAAGCTGTTGATATCTCCCCTTTGAGACGCATCAATCAAGCTATCTAT
                                                                            || |   || |    | |||  |     || ||||    |||| || |||         ||| |  | |||||| ||  | |||||||| || ||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| || | ||| | |||||||| || || 
----------------------------------------------------------------------------gtagagctatagatctctttgttacaactt-cattgatttttcgtccttc---------ctgct--tgcagTGGTCCTCGTGAAGATGCTACACGAATCGGTTCCGCTGGTGTGGTGAGGCGTCAGGCTGTTGATATCTCGCCTCTGCGTCGCGTGAATCAAGCCATTTAC

upper sequence: Vv08s0007g07220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ16239 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtatggcaatgggggcctgtttccttgagcagtgaatgatgtcctccccttctatgaactcttaatggcttttcacgttgtattacaatcttttttcatctgttttacattttcctttcctctttcaattatattctgttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCGTCAAGCTGTTGATATCTCCCCTTTGAGACGCATCAATCAAGCTATCTAT
                                                                            || |   || |    | |||  |     || ||||    |||| || |||         ||| |  | |||||| ||  | |||||||| || ||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| || | ||| | |||||||| || || 
----------------------------------------------------------------------------gtagagctatagatctctttgttacaactt-cattgatttttcgtccttc---------ctgct--tgcagTGGTCCTCGTGAAGATGCTACACGAATCGGTTCCGCTGGTGTGGTGAGGCGTCAGGCTGTTGATATCTCGCCTCTGCGGCGCGTGAATCAAGCCATTTAC

upper sequence: Vv08s0007g07220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ37091 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtatggcaatgggggcctgtttccttgagcagtgaatgatgtcctccccttctatgaactcttaatggcttttcacgttgtattacaatcttttttcatctgttttacattttcctttcctctttcaattatattctgttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCGTCAAGCTGTTGATATCTCCCCTTTGAGACGCATCAATCAAGCTATCTAT
                                                                               |||| | |   |    | | | |  || ||      |||    |||    | | |||| ||  | |||||| ||  | |||||||| || || |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| || || || 
-------------------------------------------------------------------------------gtat-agaggttcaagtgagcaggattccaggacagttttggattttctctct-ttctctt--tgcagTGGTCCTCGCGAAGATGCTACCCGTATTGGCTCCGCTGGTGTTATCAGGCGTCAGGCTGTGGATATCTCCCCTTTGAGGCGTGTCAATCAGGCGATTTAC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30254478|gb|CB971223.1|CB971223
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|22007543|gb|BQ792577.1|BQ792577
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110397360|gb|EC963092.1|EC963092
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|77585543|gb|DV221862.1|DV221862
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110702552|gb|EE081396.1|EE081396
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110386863|gb|EC951495.1|EC951495
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGGG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|77587163|gb|DV222711.1|DV222711
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|37187486|gb|CF606839.1|CF606839
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110366734|gb|EC930652.1|EC930652
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110690648|gb|EE067989.1|EE067989
EST:     CTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCTGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110381808|gb|EC935439.1|EC935439
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110362066|gb|EC925573.1|EC925573
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110384813|gb|EC949278.1|EC949278
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110724236|gb|EE099885.1|EE099885
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|30137959|gb|CB923297.1|CB923297
EST:     TGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|71887184|gb|DT036239.1|DT036239
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110727075|gb|EE103444.1|EE103444
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110686765|gb|EE064773.1|EE064773
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|71887190|gb|DT036245.1|DT036245
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|71881593|gb|DT030648.1|DT030648
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|30128424|gb|CB913763.1|CB913763
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|32460578|gb|CD801752.1|CD801752
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|161719032|gb|FC067652.1|FC067652
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110691236|gb|EE069106.1|EE069106
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110698863|gb|EE076849.1|EE076849
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|351030727|gb|FQ438565.1|FQ438565
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110377556|gb|EC942629.1|EC942629
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110378204|gb|EC943323.1|EC943323
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110365695|gb|EC929082.1|EC929082
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|161712010|gb|FC060039.1|FC060039
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110689077|gb|EE064986.1|EE064986
EST:     CTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCTGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110363572|gb|EC927170.1|EC927170
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110730006|gb|EE106594.1|EE106594
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110391483|gb|EC956461.1|EC956461
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110395107|gb|EC960667.1|EC960667
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|32458579|gb|CD799753.1|CD799753
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|77579066|gb|DV218359.1|DV218359
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|71870145|gb|DT019200.1|DT019200
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|71886242|gb|DT035297.1|DT035297
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|71886765|gb|DT035820.1|DT035820
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|71889934|gb|DT038989.1|DT038989
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110360526|gb|EC923702.1|EC923702
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110375420|gb|EC940408.1|EC940408
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110702525|gb|EE081337.1|EE081337
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|71888848|gb|DT037903.1|DT037903
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|71889883|gb|DT038938.1|DT038938
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110729763|gb|EE106071.1|EE106071
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110701952|gb|EE080108.1|EE080108
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|71855366|gb|DT004421.1|DT004421
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|161712064|gb|FC061436.1|FC061436
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|37190649|gb|CF609998.1|CF609998
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110714778|gb|EE092075.1|EE092075
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|351019313|gb|FQ429473.1|FQ429473
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|22014248|gb|BQ799282.1|BQ799282
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110717318|gb|EE093071.1|EE093071
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110379947|gb|EC945174.1|EC945174
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110414140|gb|EC979966.1|EC979966
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110715709|gb|EE094070.1|EE094070
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|77588790|gb|DV223618.1|DV223618
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110390058|gb|EC954943.1|EC954943
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110410333|gb|EC976014.1|EC976014
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110724060|gb|EE099555.1|EE099555
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110367197|gb|EC931123.1|EC931123
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|30254126|gb|CB971141.1|CB971141
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTTAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|351041459|gb|FQ447586.1|FQ447586
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|51052543|gb|CO819613.1|CO819613
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
EST: gi|110402662|gb|EC960696.1|EC960696
EST:     TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAG                         TGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG
genomic: TTGACTGAGCAGAATCCCATCCAAGTGATTGTTGATGCTGTGATCAACAGgtatggcaat ... gttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttcatctgttttacattttcctttcctctttcaattatattctgttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCGTCAAGCTGTTGATATCTCCCCTTTGAGACGCATCAATCAAGCTATCTAT
                                         ttctgtt  CT-rich tract
                            tctttcaattatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggcaatgggggcctgtttccttgagcagtgaatgatgtcctccccttctatgaactcttaatggcttttcacgttgtattacaatcttttttcatctgttttacattttcctttcctctttcaattatattctgttactacagTGGGCCAAGAGAAGATGCAACTCGAATTGGCTCAGCTGGTGTTGTGAGGCGTCAAGCTGTTGATATCTCCCCTTTGAGACGCATCAATCAAGCTATCTAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT