Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tattccccttagaatttcagagtcatcttttacagttgaagtatgagttgtatatagcttttctctttgatgtaacatttccctcgttgttaactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTCAATAAGAACAAGAAACTGGTCAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g03340.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0007g03340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA19G37980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
tattccccttagaatttcagagtcatcttttacagttgaagtatgagttgtatatagcttttctctttgatgtaacatttccctcgttgttaactg-----gcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTCAATAAGAACAAGAAACTGGTCAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
   ||   ||| | | | |   ||| |    | || | |     ||||  | |  || | || |   | |  | |  ||    |   ||  |  |       ||||| || || || ||  | || ||||||||||||||||  ||||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||| ||
---tctaattaaattcttat--tcaacaaagaaagcttactctggagtgttgtggagttcttgtgacttacatgatgttagtgttactgacatgtatgtacacagGCGGAAAAAATTGGGCTGGACTACATGGATGTGGAAGCACTGAAGAAACTCAATAAAAACAAAAAACTTGTGAAGAAGCTTGCCAAGAAATATCATGTTT

upper sequence: Vv08s0007g03340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G08360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
--tattccccttagaatttcagagtcatcttttacagttgaagtatgagttgtatatagcttttctctttgatgtaacatttccctcgttgttaactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTCAATAAGAACAAGAAACTGGTCAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
  ||    | | |   |||| || |  |   | |  ||| |  || |  |  | | | || |   |   |  |     |||||      | |    | | |||| |||||||| || || ||  |||||||||| ||    || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||
tgtagatgcatgatgttttcggaat--ttggtcattgtttatttaggcttcatttcttgcataattaaatatttgcttatttcatcttgtatcttttcgtagGCTGAGAAGATGGGGTTGGAAAACATGGATGTTGAGTCTCTAAAAAAGCTTAACAAGAACAAGAAACTCGTCAAGAAGCTTGCAAAGAAATACCATGCTT

upper sequence: Vv08s0007g03340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G22440.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
tattccccttagaatttcagagtcatcttttacagttgaagtatgagttgtatatagcttttctctttgatgtaacatttccctcgttgttaactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTCAATAAGAACAAGAAACTGGTCAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
  ||| | ||    |||| |  |  ||||||  |  ||   ||||| | |||  |||   |      |  |   | |  |  |   | ||| |||   |||| |||||||| ||||| || |  |||||||| ||||  || || ||| | || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| | ||||||||
-gttcacttt----tttccgccttttcttttgaaaatgt--tatgattagtacttagtagta-----tagtactataacttgcggttggtttact--tagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGAACAAGAACAAGAAACTTGTTAAGAAGCTTGCTAAGAAATTCCATGCTT

upper sequence: Vv08s0007g03340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S427_1V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
------------------------------------------------------------------------tattccccttagaatttcag---agtcatcttt-tacagttgaagtatgagttgta---tatagctt---------ttctctttgatgtaaca--tttccctcgttgttaactgg---cagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTCAATAAGAACAAGAAACTGGTCAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
                                                                        | |||  ||  |  | |||    | |   |||| || | |  || ||  | || |      |  |||         |  |   ||||||      ||||  | | |  ||||| |   |||||    ||||  ||  | |||| ||||||||| ||  |  |||| ||| | || |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||
gtatgcttattctcaaattttgattctttctatttgttgatggtgccagaaattgaataaaacattgtagaattttctgctctgggtctcatctcactggcctttgtatattaaaactagaaattatcaccctttacttgataatggataattgctgatgtcgtgagtttcttttggtcgtaactcgtcacagGCGACCAAGAATGGTATCGAGTGCATGGATGTCGAGAGCTTGAAGAAGATGAACAAGAACAAGAAACTTGTGAAGAAGCTGGCTAAGAAGTACCACGCTT

upper sequence: Vv08s0007g03340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S40_297V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
tattccccttagaatttcagagtcatcttttacagttgaagtatgagttgtatatagcttttctct-ttgatgtaacatttccc--tcgttgttaa-ctggca---gGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTCAATAAGAACAAGAAACTGGTCAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
   ||   || | |  |  || | || |||  |  || |  | ||  |  | | ||| || |||   || ||||  ||||||     |   ||| | ||| ||   |||| | || || ||  | || ||||||||||| ||  |  |||| ||| | || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||
--gtcatattcgcacattggaataatttttgcc--ttcatatttgtttcatttttagattatcttgattaatgtctcatttcttaaccaacgttcatctgacaatagGCAAACAAAATCGGTATGGAATACATGGATGTTGAGAGCTTGAAGAAGATGAACAAGAATAAGAAGCTCGTCAAGAAGCTGGCTAAGAAGTACCATGCTT

upper sequence: Vv08s0007g03340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ34353 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
tattccccttagaatttcagagtcatcttttacagttgaagtatgagttgtatatagcttttctctttgatgtaa-catt--tccctcgttgttaactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTCAATAAGAACAAGAAACTGGTCAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
                                  ||   | |  | |   | | |   |||  |    |||  || || |  ||| | | | ||      ||||| |||||||| ||  | || ||||||||| |||| |||||||| ||| | || ||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||| ||||
----------------------------------gtaagattgagcgccctgtctccttttgttgccggattgaatcactggtccgttgctttttttgcacagGCCGAGAAGATCGGTCTGGACTACATGGATCTGGAGGGGCTGAAGAAGATGAACAAGAACAAGAAGCTCGTGAAGAAGCTGGCAAAGAAGTACCACGCTT

upper sequence: Vv08s0007g03340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ31249 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
tattccccttagaatttcagagtcatcttttacagttgaagtatgagttgtatatagcttttctctttgatgtaacatttccctcgttgttaactggca--gGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTCAATAAGAACAAGAAACTGGTCAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
                                  ||   | |  | |   | | |   ||   |    |||  ||    |    | ||| |   | |||  ||| |||||||| ||  | || ||||||||| |||| |||||||| ||| | || ||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||| ||||
----------------------------------gtaagattgagcgccctctctcctttagttgccggattgaatcactggtccattgcttttttgcacagGCCGAGAAGATCGGTCTGGACTACATGGATCTGGAGGGGCTGAAGAAGATGAACAAGAACAAGAAGCTCGTGAAGAAGCTGGCAAAGAAGTACCACGCTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26262383|gb|CA813446.1|CA813446
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|22011259|gb|BQ796293.1|BQ796293
EST:     AAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: AAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|30301785|gb|CB978579.1|CB978579
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|71875889|gb|DT024944.1|DT024944
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGCACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110404585|gb|EC969873.1|EC969873
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|71871978|gb|DT021033.1|DT021033
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110703668|gb|EE080714.1|EE080714
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTGGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110360906|gb|EC924349.1|EC924349
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110384035|gb|EC948448.1|EC948448
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110689784|gb|EE066309.1|EE066309
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110388044|gb|EC952758.1|EC952758
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110694683|gb|EE072005.1|EE072005
EST:     GTCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110397634|gb|EC963419.1|EC963419
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110356712|gb|EC919741.1|EC919741
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|33404221|gb|CF209848.1|CF209848
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|71870117|gb|DT019172.1|DT019172
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|71871003|gb|DT020058.1|DT020058
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|349830672|gb|FQ416970.1|FQ416970
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|22015558|gb|BQ800592.1|BQ800592
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110393717|gb|EC959153.1|EC959153
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|77587724|gb|DV223042.1|DV223042
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|71875890|gb|DT024945.1|DT024945
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGCACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|34549349|gb|CF517581.1|CF517581
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110356842|gb|EC919961.1|EC919961
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|71876160|gb|DT025215.1|DT025215
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110687707|gb|EE065427.1|EE065427
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|71874422|gb|DT023477.1|DT023477
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|22013875|gb|BQ798909.1|BQ798909
EST:     ATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: ATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110380293|gb|EC945545.1|EC945545
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|352781285|gb|FQ467366.1|FQ467366
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|71872406|gb|DT021461.1|DT021461
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110364654|gb|EC928065.1|EC928065
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|351028843|gb|FQ433273.1|FQ433273
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|33410060|gb|CF215687.1|CF215687
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|351055527|gb|FQ442323.1|FQ442323
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|30252603|gb|CB970154.1|CB970154
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|351014201|gb|FQ434790.1|FQ434790
EST:     GTCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|351018802|gb|FQ425704.1|FQ425704
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110692322|gb|EE071432.1|EE071432
EST:     GTCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|77581967|gb|DV219934.1|DV219934
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|351027814|gb|FQ446981.1|FQ446981
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|351014830|gb|FQ438030.1|FQ438030
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|51052241|gb|CO819460.1|CO819460
EST:     GTCNTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|37189692|gb|CF609041.1|CF609041
EST:     GTCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|351029680|gb|FQ427520.1|FQ427520
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCGTGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110427995|gb|EC994454.1|EC994454
EST:     GTCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110703239|gb|EE079921.1|EE079921
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTGGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|351045429|gb|FQ440614.1|FQ440614
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110405108|gb|EC970641.1|EC970641
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTGGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|71873842|gb|DT022897.1|DT022897
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110693002|gb|EE068854.1|EE068854
EST:     GTCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|33404136|gb|CF209763.1|CF209763
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110359409|gb|EC920847.1|EC920847
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|71870960|gb|DT020015.1|DT020015
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|77577695|gb|DV217591.1|DV217591
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|110399863|gb|EC966394.1|EC966394
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
EST: gi|33409988|gb|CF215615.1|CF215615
EST:     GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC
genomic: GTCCTAAGATGAAGATCTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTGGAAGAGgtaaattact ... taactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttgtatatagcttttctctttgatgtaacatttccctcgttgttaactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTCAATAAGAACAAGAAACTGGTCAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
                                          tgttaac  putative branch site (score: 2)
                                tttccctcgttgtt  CT-rich tract
                           taacattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tattccccttagaatttcagagtcatcttttacagttgaagtatgagttgtatatagcttttctctttgatgtaacatttccctcgttgttaactggcagGCAGAGAAGATAGGATTAGAGTACATGGATGTGGAAGGGCTGAAAAAGCTCAATAAGAACAAGAAACTGGTCAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT
- -tcccctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttccctc