Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggatttgattgtagttcaagtttgactgttaattgttggttattttcctagtgaaattgatgaaaattaaaaactaattttgaatatctttcttttcaattttgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCCAATGCTGAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0061g00750.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g44770.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gttggatttgattgtagttcaagtttgactgttaattgttggttattttcctagtgaaattgatgaaaattaaaaactaattttgaatatctttcttttcaattttgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCCAATGCTGAAG
        | ||  ||   |    || | |   || | |   |       |     | |||    |  ||  |||   |   |   | ||          || ||||      |||| ||||||| || |||||     |||| || ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
--------taatcctaacccttcattcatttccaaatctcaatcccacctc-----acatttcccattatccaaacacaccctc--acattacatggcaaaactttgtcctgcagGACCACATTTTAACCCAAACAATTTGACGCACGGTGCACCAGAAGATGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTGTTGCCAATGCTGAAG

upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G106928_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gttggatttgattgtagttcaagtt-tgactgttaattgttggttattttcctagtgaaattgatgaaaat-taaaaactaattttgaatatctttcttttcaattttgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCCAATGCTGAAG
            || |  |  |||| ||   |    |   |  | | ||   |  |  |  || | ||  |   ||  |||| ||| || |     |||||| || ||     | |||| ||||||| ||||||||     |||| || ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |
------------tgcatcttcagttatgctcgcccttctataataaattgaatcatctagctgttcaagttgccaagtctaactttaaaaaataaccttttctatctt-----acagGACCACATTTTAATCCAAACAATCTGACGCACGGTGCACCAGAAGACGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTGTTGCAAATGCTGAGG

upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G19840.3 (Glycine max), 3'ss of exon 3
----gttggatttgattgtagttcaagtttgactgttaattgttggttattttcctagtgaaattgatgaaaattaaaaactaattttgaatatctttcttttcaattttgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCCAATGCTGAAG
    |   | |   | |    |||||  ||  ||  | | ||||  || ||||| |   |   |       |||| |  |  | ||   |   | | | | || |||   || |  ||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
gtaaggcagctggaacttagtttcaaagtttgct--tcactgtt--ttcttttcttgccgtggtccggttcaattgagta--agttacaagggtttgtttcttgaat---gacttttagGAGCACATTTTAATCCTAATAAATTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG

upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA12G08650.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gttggatttgattgtagttcaagtttgactgttaattgttggttattttcctagtgaaattgatgaaaattaaaaactaattttgaatatctttcttttcaattttgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCCAATGCTGAAG
||  |  |       |  | || ||  | | ||  || ||  || || |  |  ||   | | |       | | | ||| ||  ||    ||  || |  | |  || |   |||||||||||| ||||| |||    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
gtaaggct--gccagaccttaatttcaatttttgcttctttttt-ttcttttcttgccgtggttcggttcaatagagtaagttacaagggtttgtttcttgaat--gactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG

upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G28190.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gttggatttgattgtagttcaagtttgactgttaattgttggttattttcctagtgaaattgatgaaaattaaaaactaattttgaatatctttcttttcaattttgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCCAATGCTGAAG
                ||| |      |       | |  | || ||||  || |||  |           |||  ||||      |||||||   ||  | | |||     ||||| |||||||||| || ||    |||||||| || ||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |
----------------gttaatagcaaaacccctgtggcagattcttttgatactgatgtcatgatttgccaaattctaagac--gatatcttgtcttatattcttg-----tagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGTGCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAAATGCCAATGCCGATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110697650|gb|EE074825.1|EE074825
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351016352|gb|FQ446212.1|FQ446212
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110721101|gb|EE097715.1|EE097715
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110697481|gb|EE074509.1|EE074509
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351023497|gb|FQ432880.1|FQ432880
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGAC-AATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351037532|gb|FQ462515.1|FQ462515
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349813969|gb|FQ414203.1|FQ414203
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351025594|gb|FQ426608.1|FQ426608
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351013137|gb|FQ424842.1|FQ424842
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351053311|gb|FQ459179.1|FQ459179
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|30253431|gb|CB970982.1|CB970982
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349827666|gb|FQ422534.1|FQ422534
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349822160|gb|FQ412424.1|FQ412424
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349815965|gb|FQ403606.1|FQ403606
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349823657|gb|FQ415067.1|FQ415067
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGGTG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349814484|gb|FQ399124.1|FQ399124
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110405653|gb|EC971197.1|EC971197
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349822147|gb|FQ412411.1|FQ412411
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|29784976|gb|CB341565.2|CB341565
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGACAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351028176|gb|FQ426077.1|FQ426077
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349816488|gb|FQ403863.1|FQ403863
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110728694|gb|EE104487.1|EE104487
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110406516|gb|EC972092.1|EC972092
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349831011|gb|FQ418295.1|FQ418295
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|30251252|gb|CB968985.1|CB968985
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110387404|gb|EC952065.1|EC952065
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|352794252|gb|FQ479494.1|FQ479494
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110376952|gb|EC942021.1|EC942021
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349808415|gb|FQ405559.1|FQ405559
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110732008|gb|EE106918.1|EE106918
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|30255507|gb|CB971639.1|CB971639
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|29784935|gb|CB341497.2|CB341497
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGACAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|30251287|gb|CB969020.1|CB969020
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|30251371|gb|CB969104.1|CB969104
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349826996|gb|FQ419087.1|FQ419087
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351056800|gb|FQ443427.1|FQ443427
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351055263|gb|FQ440602.1|FQ440602
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|33409849|gb|CF215476.1|CF215476
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351015091|gb|FQ444380.1|FQ444380
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351038806|gb|FQ464672.1|FQ464672
EST:     CATGAGTTTGGTGACGCGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351016126|gb|FQ432081.1|FQ432081
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110404252|gb|EC969021.1|EC969021
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|37186536|gb|CF605889.1|CF605889
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|37188306|gb|CF607655.1|CF607655
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351032540|gb|FQ458905.1|FQ458905
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349814908|gb|FQ410131.1|FQ410131
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110383243|gb|EC947602.1|EC947602
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351012633|gb|FQ430196.1|FQ430196
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349824838|gb|FQ414696.1|FQ414696
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|352789886|gb|FQ478701.1|FQ478701
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110701035|gb|EE078210.1|EE078210
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349811062|gb|FQ406050.1|FQ406050
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|352786909|gb|FQ481284.1|FQ481284
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|30253352|gb|CB970903.1|CB970903
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110384279|gb|EC948706.1|EC948706
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110371126|gb|EC934905.1|EC934905
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351055675|gb|FQ452140.1|FQ452140
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACACGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110691130|gb|EE068880.1|EE068880
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351025914|gb|FQ427926.1|FQ427926
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|30255584|gb|CB971716.1|CB971716
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110691414|gb|EE069492.1|EE069492
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349813864|gb|FQ414098.1|FQ414098
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349809263|gb|FQ399037.1|FQ399037
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349817251|gb|FQ405255.1|FQ405255
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGGTG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351022739|gb|FQ428648.1|FQ428648
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351027042|gb|FQ439903.1|FQ439903
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349819676|gb|FQ402613.1|FQ402613
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351020010|gb|FQ439827.1|FQ439827
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|110685642|gb|EE062541.1|EE062541
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|349815601|gb|FQ400757.1|FQ400757
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351030356|gb|FQ432294.1|FQ432294
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351014462|gb|FQ437464.1|FQ437464
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|351046839|gb|FQ454449.1|FQ454449
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
EST: gi|352790592|gb|FQ478231.1|FQ478231
EST:     CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAG                         GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG
genomic: CATGAGTTTGGTGACACGACAAATGGGTGCATGTCAACAGgttggatttg ... tgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatgaaaattaaaaactaattttgaatatctttcttttcaattttgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCCAATGCTGAAG
              aactaat  putative branch site (score: 2)
                             tctttcttttcaattt  putative PPT
     aaaattaaaaactaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggatttgattgtagttcaagtttgactgttaattgttggttattttcctagtgaaattgatgaaaattaaaaactaattttgaatatctttcttttcaattttgaataatagGAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCCAATGCTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG