1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...aagtttaattagcatgtccatgtccatgtccatttccgtctctaagaactacatatatttgatccatatatattgcaacattaaattttaatgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGACCATTGATGACTTTTTCAGTGGTCAAGCTGCTGCACTAGCAGGTGGAAC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0009g02790.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACTGGAAAGTTTGTCATGCCAG GTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGAEST: gi|71858064|gb|DT007119.1|DT007119
genomic: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAGgtgaattttc ... atgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGA
EST: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACTGGAAAGTTTGTCATGCCAG GTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGAEST: gi|71861990|gb|DT011045.1|DT011045
genomic: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAGgtgaattttc ... atgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGA
EST: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAG GTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGAEST: gi|110701190|gb|EE078505.1|EE078505
genomic: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAGgtgaattttc ... atgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGA
EST: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAG GTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGAEST: gi|110708705|gb|EE086554.1|EE086554
genomic: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAGgtgaattttc ... atgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGA
EST: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAG GTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGAEST: gi|71856404|gb|DT005459.1|DT005459
genomic: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAGgtgaattttc ... atgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGA
EST: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAG GTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGAEST: gi|110699792|gb|EE077099.1|EE077099
genomic: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAGgtgaattttc ... atgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGA
EST: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAG GTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGAEST: gi|71854811|gb|DT003866.1|DT003866
genomic: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAGgtgaattttc ... atgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGA
EST: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAG GTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACEST: gi|161711961|gb|FC060840.1|FC060840
genomic: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAGgtgaattttc ... atgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTAC
EST: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAG GTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGA
genomic: AGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAGgtgaattttc ... atgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGA
gaactacatatatttgatccatatatattgcaacattaaattttaatgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGACCATTGATGACTTTTTCAGTGGTCAAGCTGCTGCACTAGCAGGTGGAAC
ttttaat putative branch site (score: 3)
atatatattgcaacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagtttaattagcatgtccatgtccatgtccatttccgtctctaagaactacatatatttgatccatatatattgcaacattaaattttaatgtttacagGTGGAATTGATCCTCACACACACCTAGCAATGGAGTTTATGGGTACTGAGACCATTGATGACTTTTTCAGTGGTCAAGCTGCTGCACTAGCAGGTGGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - -gcatgtc
- - - - - - - - -ccatgtc
- - - - - - - - - - - - - - - catttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcaac