1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttctgacattataatccattatttcatcaccagattggctcttattgattcatataaatataaagcttcccagttatcttaatatacacaatgccttcagGTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGGCTTGAACAGAAAGGGATTAAGCACACCAACTTTGCTGTGGTGACATGGT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0009g02780.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCTTCTGAGTGATTTCTGCAAAGAGCTTACTGGTATCCAGCAAATTCAG GTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGGEST: gi|87585158|gb|DY473991.1|DY473991
genomic: ATCTTCTGAGTGATTTCTGCAAAGAGCTTACTGGTATCCAGCAAATTCAGgtatgtttag ... atgccttcagGTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGG
EST: AAGAGCTTACTGGTATCCAGCAAATTCAG GTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGGEST: gi|71861922|gb|DT010977.1|DT010977
genomic: AAGAGCTTACTGGTATCCAGCAAATTCAGgtatgtttag ... atgccttcagGTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGG
EST: ATCTTCTGAGTGATTTCTGCAAAGAGCTTACTGGTATCCAGCAAATTCAG GTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGGEST: gi|110729886|gb|EE106338.1|EE106338
genomic: ATCTTCTGAGTGATTTCTGCAAAGAGCTTACTGGTATCCAGCAAATTCAGgtatgtttag ... atgccttcagGTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGG
EST: ATCTTCTGAGTGATTTCTGCAAAGAGCTTACTGGTATCCAGCAAATTCAG GTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGG
genomic: ATCTTCTGAGTGATTTCTGCAAAGAGCTTACTGGTATCCAGCAAATTCAGgtatgtttag ... atgccttcagGTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGG
tgattcatataaatataaagcttcccagttatcttaatatacacaatgccttcagGTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGGCTTGAACAGAAAGGGATTAAGCACACCAACTTTGCTGTGGTGACATGGT
tcttaat putative branch site (score: 3)
tgccttc putative PPT
atataaatataaagct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctgacattataatccattatttcatcaccagattggctcttattgattcatataaatataaagcttcccagttatcttaatatacacaatgccttcagGTGGACAATGGTGTTCTCCTAAGCGAAGCTCTACTCATGCATGATAGATGGCTTGAACAGAAAGGGATTAAGCACACCAACTTTGCTGTGGTGACATGGT
- ctgacat
- - - - - - aatccat
- - - - - - - - - - - - catcacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaatata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atacaca