1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaggtttaaaaggatatggatcttatagagatatggatttaattaaaaaaaaggcctgaaaatcagttgttaactggggatgccaaaaaaaaagggctttgattaatttgtctgttgattacagcatgtacttgcttctattgttagctaaaaatgtttaactttttggatttgggtctaaattcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATCGAGCAGACACTCTGGACCCTGCACTTCTTCGTCCTGGAAGACTCGACC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0004g08220.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|110408764|gb|EC974405.1|EC974405
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|37184209|gb|CF603563.1|CF603563
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|110716340|gb|EE091246.1|EE091246
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAAACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|30298944|gb|CB975738.1|CB975738
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGGGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|27583947|gb|CB006642.1|CB006642
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|30330039|gb|CD013301.1|CD013301
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|71888901|gb|DT037956.1|DT037956
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|110361748|gb|EC925244.1|EC925244
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|30329505|gb|CD012767.1|CD012767
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|110712358|gb|EE089887.1|EE089887
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATANAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGGAC-AGACTGTGAATGTTAAAGTCATAATGGGCA-CTAEST: gi|71870890|gb|DT019945.1|DT019945
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTG-ACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGG-CAACTA
EST: CAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|110370231|gb|EC929168.1|EC929168
genomic: CAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|110386625|gb|EC951239.1|EC951239
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTTATAATGGCAACTAATEST: gi|110406828|gb|EC972414.1|EC972414
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|110693522|gb|EE069829.1|EE069829
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|110411515|gb|EC977232.1|EC977232
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|29782278|gb|CB347461.2|CB347461
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|30298889|gb|CB975683.1|CB975683
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATEST: gi|110413373|gb|EC979155.1|EC979155
genomic: CTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
EST: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAG ATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtaggtttaa ... tcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAAT
tattgttagctaaaaatgtttaactttttggatttgggtctaaattcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATCGAGCAGACACTCTGGACCCTGCACTTCTTCGTCCTGGAAGACTCGACC
gtctaaa putative branch site (score: 3)
ttcttctcc CT-rich tract
taaaaatgtttaactt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaggtttaaaaggatatggatcttatagagatatggatttaattaaaaaaaaggcctgaaaatcagttgttaactggggatgccaaaaaaaaagggctttgattaatttgtctgttgattacagcatgtacttgcttctattgttagctaaaaatgtttaactttttggatttgggtctaaattcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATCGAGCAGACACTCTGGACCCTGCACTTCTTCGTCCTGGAAGACTCGACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA