Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagaatattcaagttcataagcatgaaaaatgatgatccaagtctcatgtttggtcatttttcatctgaaggaattaagctacctttggttgaattctttgcagGTGAATGGTGGAAATCAGATGTGGAAGCAGTGATCAATGAAGCTATGAAGTCTGGCCTGGCCCCAAATGTGTCCGATGCTCACACCATTAATGGCCATCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g06090.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161719258|gb|FC064811.1|FC064811
EST:     TGTTCCTTATCCATTTCCCACTCCCTATAAGGAAGCTGTTGTTATTTTGG                         GTGAATGGTGGAAATCAGATGTGGAAGCAGTGATCAATGAAGCTATGAAGT
genomic: TGTTCCTTATCCATTTCCCACTCCCTATAAGGAAGCTGTTGTTATTTTGGgtgagaatat ... ttctttgcagGTGAATGGTGGAAATCAGATGTGGAAGCAGTGATCAATGAAGCTATGAAGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttggtcatttttcatctgaaggaattaagctacctttggttgaattctttgcagGTGAATGGTGGAAATCAGATGTGGAAGCAGTGATCAATGAAGCTATGAAGTCTGGCCTGGCCCCAAATGTGTCCGATGCTCACACCATTAATGGCCATCC
                                             ttctttgc  CT-rich tract
       atttttcat  TA-rich tract