Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ataattagtttacctctccattactttaataggttggactcgaattttgttaatgttgcttgtcaccggaaattaatggttcatcttctacactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGTACCAGTTGGACTTGATGTCCTTATTGATGGCACGGTTCCTACAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0077g00690.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0077g00690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA07G36610.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ataattagtttacctctccattactttaataggttggactcgaattt-tgt-taatgttgcttgtca-ccggaaattaatggttcatcttctacactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGTACCAGTTGGACTTGATGTCCTTATTGATGGCACGGTTCCTACAG
 | |    |  |  |     || | ||  | || || ||  |||    ||| ||   ||| |  |||       |||||| | | || |   |    ||  |||||||||||||   |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||   ||| ||||||||||| || ||| ||||||| || || || ||||
cttagagatagatgtggtggtttccttttttgggtgaacaagaaagagtgtatagcattgttgttcaattcagtattaatagataatgt---aactactgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAATTGAAAGGAGTGGATGTTGGCAAACCTGTTGGACTTGAAGTTCTTGTTGATGGAACAGTGCCGACAG

upper sequence: Vv05s0077g00690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA17G03990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ataattagtttacctctccattactttaataggttggactcgaattt-tgt-taatgttgcttgtcaccggaaattaatggttcatcttctacactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGTACCAGTTGGACTTGATGTCCTTATTGATGGCACGGTTCCTACAG
 | ||   |  |  |    ||| | ||  | || || ||  |||    ||| ||   ||| |  |||    |   || |  || || || ||    ||  |||||||||||||   |||| ||||| || || ||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| || ||| ||||||| || || || ||||
cttatggatagatgtggtgatttccttttttgggtgaacaagaaagagtgtataccattgttgttcaattcag--tattaattgatattgtaactgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGAACCTGTTGGACTTGAAGTTCTTGTTGATGGAACAGTGCCGACAG

upper sequence: Vv05s0077g00690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G06580.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
ataattagtttacctctccattactttaataggttggactcgaattttgttaatgttgcttgtcaccggaaattaatggttcatcttctacactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGTACCAGTTGGACTTGATGTCCTTATTGATGGCACGGTTCCTACAG
 |||   ||||   |      |    |        |||   ||    | | ||| ||  ||||| | |            |   |||  |  |  |||||||||||||| | | |||| ||||| || | |||||| ||  || |||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||| |  ||||||||||
gtaaggggtttcgtttggagctttggtgtctatcaggaactgagagatctcaatattttttgtccctgag----------ttgcctttgattcattacagGTACAAAGGATTTCATGAGTATGCAAAGTCAAAAGGTGTGAATCTTGGTTCACCAGTTGGACTTGATGTGCTTGTTGATGGAATTGTTCCTACAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110720147|gb|EE095816.1|EE095816
EST:     GGGGTCATTATTTCATTTGCGG                         GTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
genomic: GGGGTCATTATTTCATTTGCGGgtatgacaca ... cactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
EST: gi|71883958|gb|DT033013.1|DT033013
EST:     GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG                         GTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
genomic: GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGGgtatgacaca ... cactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
EST: gi|71857629|gb|DT006684.1|DT006684
EST:     GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG                         GTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
genomic: GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGGgtatgacaca ... cactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
EST: gi|110723631|gb|EE101165.1|EE101165
EST:     GAGATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG                         GTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
genomic: GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGGgtatgacaca ... cactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
EST: gi|71863613|gb|DT012668.1|DT012668
EST:     GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTCCATTTGCGG                         GTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGAAGTTGGTGT
genomic: GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGGgtatgacaca ... cactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
EST: gi|71858254|gb|DT007309.1|DT007309
EST:     GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG                         GTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
genomic: GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGGgtatgacaca ... cactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
EST: gi|33405936|gb|CF211563.1|CF211563
EST:     GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGTGG                         GTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
genomic: GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGGgtatgacaca ... cactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
EST: gi|77581517|gb|DV219710.1|DV219710
EST:     GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG                         GTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT
genomic: GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGGgtatgacaca ... cactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgttaatgttgcttgtcaccggaaattaatggttcatcttctacactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGTACCAGTTGGACTTGATGTCCTTATTGATGGCACGGTTCCTACAG
                         aattaat  putative branch site (score: 3)
                                      tcttctac  putative PPT
                        aaattaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ataattagtttacctctccattactttaataggttggactcgaattttgttaatgttgcttgtcaccggaaattaatggttcatcttctacactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGTACCAGTTGGACTTGATGTCCTTATTGATGGCACGGTTCCTACAG

- - - - - - -ctctcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtcacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaattaa