Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtagttggttatcatctatatgggtaaaattctcacatgaaacaataaaattccaccaaaagctatgactaaagtttaagctgtttgatttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGCAATTGGTCTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g04690.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0020g04690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os12g40890.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
----------------------------------------ttgtagttggttatcatctatatgggtaaaattctcacatgaaac---aataaaattccac---caaaagctatgactaaagtttaagctgtttgatttca----------tgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGCAATTGGTCTTG
                                          ||  ||  || | ||         |||  | ||    |||| |    |||  | ||||    |   | || ||     | ||    |  |||  |||            | ||||||||||||||| |||||||||||| |  | |||||||||||||||||||| ||||| ||||
gtcagtaatctctacttaaattttctattatctaatatctaagtgtttaattttaataacctgaattaaggtactagtctgaatctctgatatgagtccatgctctgcatctgtgttctgaattctgaccattttgtttggaaatggaaatttcagGATGTTTGTTGAATCATGCAAGCGCCTTAGGATAATGAAAGGATCAGAAGCTATTGGCCTTG

upper sequence: Vv05s0020g04690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
----------------ttgtagttggttatcatctatatgggtaaaattct--cacatgaa-acaataaaattccaccaaaagctatgactaaagtt------taagctgtttgatt-tcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGCAATTGGTCTTG
                || | ||      | | || | |   | |  |||   | |||||  | |||    ||   | | |  | | |   ||  ||      | ||||| ||| ||    |||||||||||||| || |||||||| |||||| | || ||||| || || ||||| ||||||||||
gtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgata--ccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGCCATTGGTCTTG

upper sequence: Vv05s0020g04690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G138268_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
ttgtagttggttatcatctatatgggtaaaattctcacatgaaacaataaaattccaccaaaagcta-tgactaaagtttaagctgtttgatttcatg--cagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGCAATTGGTCTTG
       ||   |     |  ||| |     |||   ||  | ||     | ||  |  |    ||| |    |||   |||    ||  |||||||   ||||||||| || || |||||||||||| | || || ||||||||||||||||| ||||| || |
------gtgagcactgcatgcatgcgcttc-ttcctgcactatactcctta-ttatattattgcctaatcggaaaataataataatttccatttcattttcagGATGTTCGTCGAATCATGCAAGCGCCTTCGGATCATGAAAGGATCAGAAGCCATTGGCCTGG

upper sequence: Vv05s0020g04690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G35270.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
ttgtagttggttatcatctatatgggtaaaattctcacatgaaacaataaaattccaccaaaagctatgac-taaagtttaa---gctgtttgatttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGCAATTGGTCTTG
    ||     ||| ||   || |  | || |  ||  ||     | |  |||||     ||| | | ||  ||||  ||||    |||||| ||||  || |||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||
-atcagaaacgtat-atacttaggcattaattattcttatactgtattttaattctgt--aaacccacgaaataaaccttaattaactgtttaattttctgaagGATGTTTGTTGAGTCATGCAAGCGTCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGCGATTGGGCTTG

upper sequence: Vv05s0020g04690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G32340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ttgtagttggttatcatctatatgggtaaaattctcacatgaaacaataaaattccaccaaaagctatgactaaagtttaagctgtttgatttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGCAATTGGTCTTG
  | |  |  |   | | ||||    | || |  ||  ||   | | |  |||||    ||    |   | |||    | | |||||| ||||  || |||||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||
cagaaacttatatacttatatagccattaattagtcttatagtatattttaattctgtaaatccatgaaattaattaattaactgtttaattttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGCGATTGGCCTTG

upper sequence: Vv05s0020g04690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT4G14550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
ttgtagttggttatcatctatatgggtaaaattctcacatgaaacaataaaattccaccaaaagctatgactaaagtttaagctgtttgatttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGCAATTGGTCTTG
|  ||  |  | |  || |       |      ||  ||   |    |  | || ||  | |       | | |      | |            | |||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||
tactaactcatcaatatgttacctcatttgtagctggcacatattctttcactttcaatagatttctaaatttagtcaccaacccaaatcccgatttcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGTTTGCGCATAATGAAAGGATCCGAAGCAATTGGACTTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351045653|gb|FQ440838.1|FQ440838
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCCCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGA
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGA
EST: gi|34548112|gb|CF516344.1|CF516344
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGATGATGTTCCANGNGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATNATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|351031102|gb|FQ444929.1|FQ444929
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAA
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAA
EST: gi|351026381|gb|FQ428393.1|FQ428393
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|110362275|gb|EC925796.1|EC925796
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTCGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|351022932|gb|FQ428841.1|FQ428841
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTG-TTCATGCAAGCG
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCG
EST: gi|110421143|gb|EC987432.1|EC987432
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|110390251|gb|EC955151.1|EC955151
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|110390209|gb|EC955109.1|EC955109
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|351045641|gb|FQ440826.1|FQ440826
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|349808827|gb|FQ406677.1|FQ406677
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|110382108|gb|EC938506.1|EC938506
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTCGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|110378509|gb|EC943646.1|EC943646
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|34551059|gb|CF519257.1|CF519257
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|351056255|gb|FQ453717.1|FQ453717
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAAGG-TCAGAAG
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAA-GGATCAGAAG
EST: gi|30328719|gb|CD011981.1|CD011981
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
EST: gi|30328414|gb|CD011676.1|CD011676
EST:     TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGA                         GATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttctt ... tttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aataaaattccaccaaaagctatgactaaagtttaagctgtttgatttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGCAATTGGTCTTG
                          taaagtttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgtagttggttatcatctatatgggtaaaattctcacatgaaacaataaaattccaccaaaagctatgactaaagtttaagctgtttgatttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGCAATTGGTCTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- -tagttgg
- - - - - - - - - - - - ggtaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - tcacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aataaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtttg