Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgttgcttttacattgtaccagtttccatgctcctgttaattgcttaactgcctgttcaaatcatatttttaatctgtacctgttcacttccttaaagttttatattttttatttataggtctttctttctttctttttttttttcccctaatgcagGCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTAAATAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g01470.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71877269|gb|DT026324.1|DT026324
EST:     ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTAT                         GCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
genomic: ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTATgtaagtgttg ... cctaatgcagGCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
EST: gi|110729959|gb|EE106491.1|EE106491
EST:     ACCAAGGATATGGATTTGT-GAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTAT                         GCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
genomic: ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTATgtaagtgttg ... cctaatgcagGCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
EST: gi|294965569|gb|GW837168.1|GW837168
EST:     ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTAT                         GCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
genomic: ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTATgtaagtgttg ... cctaatgcagGCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
EST: gi|161719366|gb|FC068974.1|FC068974
EST:     ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTAT                         GCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
genomic: ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTATgtaagtgttg ... cctaatgcagGCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
EST: gi|110387686|gb|EC952373.1|EC952373
EST:     ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTAT                         GCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
genomic: ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTATgtaagtgttg ... cctaatgcagGCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
EST: gi|37186306|gb|CF605659.1|CF605659
EST:     ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTAT                         GCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA
genomic: ACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTATgtaagtgttg ... cctaatgcagGCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atattttttatttataggtctttctttctttctttttttttttcccctaatgcagGCAATTAAGGTTCTGAATATGATTAAACTTTATGGGAAGCCAATACGTGTAAATAAG
                                            ccctaat  putative branch site (score: 3)
          tttataggtctttctt  CT-rich tract
                    tttctttctttctttt  TA-rich tract