Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccatgtgccgctcgcaaatatgggtttagctttgatagatcgagcttccaatgtcaatattagataatgcttgcgtattcttctggtatggttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g07320.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g05630.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
ccatgtgccgctcgcaaatatgggtt-tagctttgatagatcgagcttccaatgtcaatattagataatgcttgcgtattcttctggtatggttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG
    || | |  |      | | |   ||   || || | | | | ||         || | ||   || ||||   |   | || |  ||    | | ||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||  ||||||| || ||||| || | |||||||||||||||   |||||  || || ||||| |
----gtactgtacagttccacgagaaatattattaattgtttgggttttggt-----atgtcaggacatccttgatcaacttacttggttgtacatat-agGCCATGGCGGAGCTCGAGCGGCTGAATATGTCAAGCAGCACCTTTTCAGCAATTTAATTAAGCATCCAAAGTTCATCAGTGATATCAAGTCCGCTATCG

upper sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G829894_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
ccatgtgc-cgctcgcaa-atatgggtttagctttgatagatcgagcttcc-aatgtcaatattagataatg----------cttgcgtatt----cttctggtatggttgtct-------cagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG
  ||||   |||| || | || ||   | |  |    |    ||   |||| |||| ||  | |   | |||           ||| ||  |     |   || |||||| |||        |||||||||||| |  ||||||||||| |||||||| ||  ||||||| || ||||| ||||  || |||||||||||  ||||||| ||  | ||||| |
gtatgtattcgctagcgacatctgaagtgatatcaattcccgcggttttcctaatgccaccactctctgatgaagttggtagtttgagttgtaaggttgagggcatggttttctgtttctgtagGTCATGGAGGAGTCCGAGCAGCTGAGTATGTTAAGCAGCACCTTTTCAGCAATTTAATCAAACACCCAAAGTTCATCACTGATACCAAGGCTGCTATCG

upper sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G06250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-ccatgtgccgctcgcaaatatgggt-ttagctttgatagatcgagcttccaatgtcaatattagataatgcttgcgtattcttctggtatggttg-tctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG
 ||||       |      ||| ||  | |  |   || | |  | | |  | | |  |||      | |   |||   ||  |    |||   |  |  |||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||| 
cccataaaa-atttattcttataggaatcatttcctatcggttaaacct--attcttgataaatagaagtagctgcaagtttcttgtttataactccttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTAATTTGATCAGTCACCCAAAATTCATTTCTGACACCAAATCAGCAATAA

upper sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA14G12220.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
--ccatgtgccgctcgc-aaatatgggtttagctttgatagatcgagcttccaatgtcaatattagataatgcttgcgtattcttctggtatggttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG
    || |||   | || | ||||     ||   |  |||  |    |||     |  || | |  | || |     | |   |||| || ||    | ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||
agttatatgctattggctatatataa-cctatactcaata--ttattctttttcagctaaaaatgtaaaaggtagctgaaactttcttgtttgaaactttcagGCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCAATTTGATCAGTCATCCAAAATTCATTTCTGACACCAAATCTGCAATAG

upper sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G06310.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
ccatgtgccgct--cgcaaatatgggtttagctttgatagatcgagcttccaatgtcaatattagataatgcttgcgtattcttctggtatggttgtctc-agGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG
||||       |      |||| ||  |||  |   || | |  | | |    | | |  | |||| | |  ||||   ||  |    |||   | | || ||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||| 
ccataaaaaattattcttaata-ggaattatttcctattggttaaacctatgct-tgataaataga-agtaattgcaagtttcttatttataactctttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTAATTTAATCAGTCACCCAAAATTCATTTCTGACACCAAATCAGCAATAA

upper sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA17G33690.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---ccatgtgccgctcgc-aaatatgggtttagctttgatagatcgagcttccaatgtcaatattagataatgcttgcgtattcttctggtatggttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG
     || |||   | || | |||| |   ||      |||    || |||     |  || | | | ||| |     | |   |||| || ||    | ||||| ||||| |||||||| || || || ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||
gagtgatttgctattggctacatatag-cctatacacaata--ctgatctttttcagctaaaaat-gttaaagtagctgaaactttcttgtttgaaactttcagGCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCAATTTGATCAGTCATCCTAAATTCATTTCTGACACCAAATCTGCAATAG

upper sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT4G31750.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
ccatgtgccgctcgcaaatatgggtttagctttgatagatcgagcttccaatgtcaatat--tagataatgcttgcgtattcttctggta-tggttgtctc-agGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG
  |     |   ||  ||||||   |   ||||| |   | |  || |   |   ||||   || | |  ||       |  | | | || |  || | || ||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| || || |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| | | | || ||||
--agtgatcttacgtgaatatgatgtcgtctttgcttatttg--ctacttgttaaaatactctaaagagggcaatatagtgatgcagataatatttatttccagGACATGGAGGTGCACGTGCAGCTGAATATGTGAAGCAAAATCTCTTCAGTAACCTGATCAGGCATCCAAAGTTCATCTCTGATACCACAGCTGCAATAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351037953|gb|FQ465191.1|FQ465191
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351015288|gb|FQ445572.1|FQ445572
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351049231|gb|FQ449953.1|FQ449953
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351042063|gb|FQ456273.1|FQ456273
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351012818|gb|FQ430381.1|FQ430381
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|352789850|gb|FQ478665.1|FQ478665
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351045009|gb|FQ449263.1|FQ449263
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351013013|gb|FQ433740.1|FQ433740
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGC-GCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351029309|gb|FQ436703.1|FQ436703
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|349827540|gb|FQ422408.1|FQ422408
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|349829612|gb|FQ421130.1|FQ421130
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|27580592|gb|CB003287.1|CB003287
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351027298|gb|FQ444547.1|FQ444547
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGC-GCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351045561|gb|FQ440746.1|FQ440746
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351027940|gb|FQ425841.1|FQ425841
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|349821400|gb|FQ411021.1|FQ411021
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCTGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|352794348|gb|FQ481579.1|FQ481579
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351040277|gb|FQ425363.1|FQ425363
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351012750|gb|FQ430313.1|FQ430313
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351054667|gb|FQ456864.1|FQ456864
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|349817052|gb|FQ399799.1|FQ399799
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351027358|gb|FQ444607.1|FQ444607
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGC-GCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|349830755|gb|FQ417053.1|FQ417053
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351028368|gb|FQ427264.1|FQ427264
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351055478|gb|FQ442274.1|FQ442274
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|349833265|gb|FQ416643.1|FQ416643
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGC-GCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|161707944|gb|FC055687.1|FC055687
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|110392949|gb|EC957627.1|EC957627
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|27580653|gb|CB003348.1|CB003348
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|349830969|gb|FQ418253.1|FQ418253
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGC-GCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351012611|gb|FQ430175.1|FQ430175
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGC-GCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351056642|gb|FQ443269.1|FQ443269
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGTGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|352790958|gb|FQ479951.1|FQ479951
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351048943|gb|FQ449786.1|FQ449786
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|27579783|gb|CB002478.1|CB002478
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351026415|gb|FQ428427.1|FQ428427
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351032995|gb|FQ461884.1|FQ461884
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351045607|gb|FQ440792.1|FQ440792
EST:     AATTGATGATGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351055896|gb|FQ452361.1|FQ452361
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351040210|gb|FQ425296.1|FQ425296
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351053821|gb|FQ441587.1|FQ441587
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351041917|gb|FQ456127.1|FQ456127
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|352794319|gb|FQ481550.1|FQ481550
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351022909|gb|FQ428818.1|FQ428818
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|110702341|gb|EE080945.1|EE080945
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|352786293|gb|FQ478904.1|FQ478904
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|32249919|gb|CD715738.1|CD715738
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|349830841|gb|FQ418149.1|FQ418149
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351052370|gb|FQ455542.1|FQ455542
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|110357029|gb|EC920283.1|EC920283
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351014237|gb|FQ434826.1|FQ434826
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTAAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351041635|gb|FQ455845.1|FQ455845
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351012059|gb|FQ429865.1|FQ429865
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351038077|gb|FQ460819.1|FQ460819
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|352798552|gb|FQ480577.1|FQ480577
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
EST: gi|351043128|gb|FQ451301.1|FQ451301
EST:     AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATG                         GTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttc ... gttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttccaatgtcaatattagataatgcttgcgtattcttctggtatggttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG
                                              ttgtctc  CT-rich tract
        tcaatattagataat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccatgtgccgctcgcaaatatgggtttagctttgatagatcgagcttccaatgtcaatattagataatgcttgcgtattcttctggtatggttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT
-catgtgc
- - - - -gctcgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttgcg