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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaattatacactcattggaaacatcttttgaactatatttcctctattttcatgtcagttatgttagctcatgttcaaactttaatcttccttttgtcagGTTTTGGCTTCCGAGGATGACCAGGATGCTTTAACCACTGACCCTGATGAACTCATTGATTCAGAAGACAGTGAAGGAATAAGTGGAGATGAAGAAGACA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g05690.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g05690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G07050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-gaattatacactc-attggaaacatcttttgaactatatttcctctattttcatgtcagttatgttagctcatgttcaaactttaatcttccttttgtcagGTTTTGGCTTCCGAGGATGACCAGGATGCTTTAACCACTGACCCTGATGAACTCATTGATTCAGAAGACAGTGAAGGAATAAGTGGAGATGAAGAAGACA
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tttgttatgaattttataatgcctactggttgtattaaattttgactgcttttgtcgtatggctgcacatgcctcttctaattttg-tctttaatata-cagGTTTTAGCATCAGAGGATGATCAGGATGCATTGACTACTGATCCTGATGAGCTCATTGACTCTGAAGACAGTGAAGGGATAAGTGGAGACGAGGAAGACA

upper sequence: Vv04s0008g05690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G06960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gaattataca--ctcattggaaacatcttttgaactatatttcctctattttcatgtcagttatgttagctcatgttcaaactttaatcttccttttgtcagGTTTTGGCTTCCGAGGATGACCAGGATGCTTTAACCACTGACCCTGATGAACTCATTGATTCAGAAGACAGTGAAGGAATAAGTGGAGATGAAGAAGACA
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atgtcaggggattttatagtgcctactggttgtattaaattttgattgctcttatcatatggttgcacgtgcctcttctaattttg-tctttaatata-cagGTTTTAGCATCAGAGGATGATCAGGATGCATTGACTACTGATCCTGATGAGCTCATAGACTCTGAAGACAGTGAAGGGATAAGTGGAGACGAGGAAGATA

upper sequence: Vv04s0008g05690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G25320.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-----------------------------------------------gaattatacactcattggaaacatcttttgaactatatttcctctatt----------------ttcatgtcagtt--atgttagctcatg--ttcaaactttaatct-tccttttgtcagGTTTTGGCTTCCGAGGATGACCAGGATGCTTTAACCACTGACCCTGATGAACTCATTGATTCAGAAGACAGTGAAGGAATAAGTGGAGATGAAGAAGACA
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gttagtttatactttatttattcaataacaagataataaaaactcttcaattgtgtatatattttctgcatcgtggagtttttcctttctttcttgcacacttggaaaccttttatgttattgaaatcttacattatggattctacgtttcttctattcgtctgccagGTACTGGCTTCAGATGATGACCAAGATGCCTTAACCACTGATCCTGATGAAATTATTGATTCTGAGGAAAGTGAGGGCATAAGCGGAGATGAGGAAGACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttcatgtcagttatgttagctcatgttcaaactttaatcttccttttgtcagGTTTTGGCTTCCGAGGATGACCAGGATGCTTTAACCACTGACCCTGATGAACTCATTGATTCAGAAGACAGTGAAGGAATAAGTGGAGATGAAGAAGACA
                                  ctttaat  putative branch site (score: 4)
                                  ctttaatcttcctttt  CT-rich tract
                               aaactttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gaattatacactcattggaaacatcttttgaactatatttcctctattttcatgtcagttatgttagctcatgttcaaactttaatcttccttttgtcagGTTTTGGCTTCCGAGGATGACCAGGATGCTTTAACCACTGACCCTGATGAACTCATTGATTCAGAAGACAGTGAAGGAATAAGTGGAGATGAAGAAGACA

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