Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtaatttctgtcaaatccttttcgaaagagaagtggttgttagtactgattaaaatatcctcatataaaagaggggttgctcattgctcccgtcgatttgattaactaaggttattctttgtgaagatatgggattgtgttgtatatcatgatcaaaatttgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGCTACGCAGCGGTGGGAGGTCTGTCAGATCAGATTCGAGAACTCCGGGAAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0038g04350.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv03s0038g04350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S13_419V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
gtaagtaatttctgtcaaatccttttcgaaagagaagtggttgttagtactgattaaaatatcctcatataaaagaggggttgctcattgctcccgtcgatttgattaactaaggttattctttgtgaagatatgggattgtgttgtatatcatgatcaaaatttgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGCTACGCAGCGGTGGGAGGTCTGTCAGATCAGATTCGAGAACTCCGGGAAT
                                                     |||  || |  | || |    |||  |||| | |    | ||    || |  |   || |  ||    |||||| |  | || | |||  | ||                  | ||   |||||||||| || || || ||||||||||| || ||||| |||||| |||||||| |||| || ||||| ||    || || ||||||||||| || || |
-----------------------------------------------------ttaggatcttat-atgtttgtgagtcgttggtaaa-atttccaaatatcttctccgctgatttttcgttttgtgcatttgtgcgcttgattcgtgc----------------ggtt---agGTTGATCCCGTAGTGTACAACATGCTTCACGAGGACCCTGGTAATATTAGCTACTCAGCTGTTGGAGGACTAAGTGACCAAATTCGAGAACTTCGTGAGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349819689|gb|FQ402626.1|FQ402626
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|351054100|gb|FQ450182.1|FQ450182
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349813939|gb|FQ414173.1|FQ414173
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110726447|gb|EE102237.1|EE102237
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|352793968|gb|FQ479210.1|FQ479210
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|27579237|gb|CB001932.1|CB001932
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|71863132|gb|DT012187.1|DT012187
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349818911|gb|FQ411606.1|FQ411606
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349819413|gb|FQ412307.1|FQ412307
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349809333|gb|FQ401101.1|FQ401101
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349817212|gb|FQ405217.1|FQ405217
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110701827|gb|EE079839.1|EE079839
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349817326|gb|FQ405330.1|FQ405330
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110710098|gb|EE086146.1|EE086146
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349822903|gb|FQ399882.1|FQ399882
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349814735|gb|FQ409958.1|FQ409958
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|161719141|gb|FC065423.1|FC065423
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110719156|gb|EE096813.1|EE096813
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|352786767|gb|FQ481142.1|FQ481142
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|351045586|gb|FQ440771.1|FQ440771
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|351039916|gb|FQ464954.1|FQ464954
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110700440|gb|EE078484.1|EE078484
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110684864|gb|EE062627.1|EE062627
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110721885|gb|EE097632.1|EE097632
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349817261|gb|FQ405265.1|FQ405265
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|77578030|gb|DV217779.1|DV217779
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|352794312|gb|FQ481543.1|FQ481543
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349814503|gb|FQ399143.1|FQ399143
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|71858790|gb|DT007845.1|DT007845
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTG
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTG
EST: gi|349818800|gb|FQ409334.1|FQ409334
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349808732|gb|FQ406582.1|FQ406582
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349817532|gb|FQ407322.1|FQ407322
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAAGTCATGTTACC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|351036738|gb|FQ457451.1|FQ457451
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110713803|gb|EE090043.1|EE090043
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATACGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGACCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110688652|gb|EE067452.1|EE067452
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|294966097|gb|GW837464.1|GW837464
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349807504|gb|FQ401497.1|FQ401497
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110693619|gb|EE070010.1|EE070010
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349812842|gb|FQ410484.1|FQ410484
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|351047239|gb|FQ454850.1|FQ454850
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|71862005|gb|DT011060.1|DT011060
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349819088|gb|FQ411982.1|FQ411982
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349807771|gb|FQ402162.1|FQ402162
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349814007|gb|FQ414241.1|FQ414241
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|71889208|gb|DT038263.1|DT038263
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|161712539|gb|FC061844.1|FC061844
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|352795231|gb|FQ477341.1|FQ477341
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACCCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCGAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGGAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349811242|gb|FQ406230.1|FQ406230
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|351056880|gb|FQ443507.1|FQ443507
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349811051|gb|FQ406039.1|FQ406039
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|110727360|gb|EE104031.1|EE104031
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349816659|gb|FQ404906.1|FQ404906
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349820610|gb|FQ404105.1|FQ404105
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349819409|gb|FQ412303.1|FQ412303
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|71857193|gb|DT006248.1|DT006248
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349814104|gb|FQ414338.1|FQ414338
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAATTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349821099|gb|FQ404352.1|FQ404352
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349823084|gb|FQ400063.1|FQ400063
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|27579277|gb|CB001972.1|CB001972
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|349821968|gb|FQ408297.1|FQ408297
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|351048795|gb|FQ449663.1|FQ449663
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
EST: gi|351048098|gb|FQ442068.1|FQ442068
EST:     TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAA                         GTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC
genomic: TAGTTCTTGATATGACTACTCTCACAATTATGCGGGCTCTTCCACGAGAAgtaagtaatt ... tgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctttgtgaagatatgggattgtgttgtatatcatgatcaaaatttgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGCTACGCAGCGGTGGGAGGTCTGTCAGATCAGATTCGAGAACTCCGGGAAT
                                          atttgat  putative branch site (score: 5)
                                    atcaaaatttgattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtaatttctgtcaaatccttttcgaaagagaagtggttgttagtactgattaaaatatcctcatataaaagaggggttgctcattgctcccgtcgatttgattaactaaggttattctttgtgaagatatgggattgtgttgtatatcatgatcaaaatttgatttacagGTTGATCCAGTTGTATATAACATGCTTCATGAAGACCCAGGTAATGTTAGCTACGCAGCGGTGGGAGGTCTGTCAGATCAGATTCGAGAACTCCGGGAAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA