1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...attttttgaaattgtgttttgtgttatctagttgacttgatgttgtgcatcttaatctatgagtatgttcctctaatggtcagaatcttttcttttacagATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGGGAGCCTTTAATTGCCAAGTTTCGCCTTCGTGAACCATTCAGAATGCCAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv03s0038g02650.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAG ATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTEST: gi|71864104|gb|DT013159.1|DT013159
genomic: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAGgtaactcatt ... tcttttacagATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTT
EST: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAG ATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGGEST: gi|110684850|gb|EE062597.1|EE062597
genomic: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAGgtaactcatt ... tcttttacagATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGG
EST: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAG ATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGGEST: gi|110358630|gb|EC922982.1|EC922982
genomic: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAGgtaactcatt ... tcttttacagATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGG
EST: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAG ATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGGEST: gi|294966370|gb|GW839477.1|GW839477
genomic: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAGgtaactcatt ... tcttttacagATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGG
EST: AATTGTAGTTTTAAACGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAG ATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGGEST: gi|110699642|gb|EE076817.1|EE076817
genomic: AATTGTAGTTTTAAA-GCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAGgtaactcatt ... tcttttacagATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGG
EST: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAG ATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGGEST: gi|71859158|gb|DT008213.1|DT008213
genomic: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAGgtaactcatt ... tcttttacagATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGG
EST: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAG ATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGG
genomic: AAATTGTAGTTTTAAAGCATAATGTATGGCGTGTAAGGGGCCTTATACAGgtaactcatt ... tcttttacagATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGG
tgcatcttaatctatgagtatgttcctctaatggtcagaatcttttcttttacagATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGGGAGCCTTTAATTGCCAAGTTTCGCCTTCGTGAACCATTCAGAATGCCAA
ctctaat putative branch site (score: 3)
tcttttcttttac putative PPT
aatcttttctttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attttttgaaattgtgttttgtgttatctagttgacttgatgttgtgcatcttaatctatgagtatgttcctctaatggtcagaatcttttcttttacagATTACTAGGTCTATTGGTGATGTATATTTAAAAAAGGCTGAGTTCAACAGGGAGCCTTTAATTGCCAAGTTTCGCCTTCGTGAACCATTCAGAATGCCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - tgacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctatgag