1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...agccaacaagtatcctataaaaaaaacttccatttctggggtaaattgtgaattatgcacttagaccaaagcaatcttcagcatgctacttttgattcagGTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGAGCACTTTTTCTGCCAAAATTGTTCTTCTGAAGATCAAAAGAAGTTGCTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv03s0038g00160.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTTACAACCCCGATGACCTAATGGTGCAGTGTGAGGGGTGCACTGATTG GTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGAEST: gi|110389058|gb|EC953869.1|EC953869
genomic: CCTTACAACCCCGATGACCTAATGGTGCAGTGTGAGGGGTGCACTGATTGgtgagttatt ... tttgattcagGTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGA
EST: CCTTACAACCCCGATGACCTAATGGTGCAGTGTGAGGGGTGCACTGATTG GTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGAEST: gi|110391870|gb|EC956881.1|EC956881
genomic: CCTTACAACCCCGATGACCTAATGGTGCAGTGTGAGGGGTGCACTGATTGgtgagttatt ... tttgattcagGTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGA
EST: CCTTACAACCCCGATGACCTAATGGTGCAGTGTGAGGGGTGCACTGATTG GTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGAEST: gi|32458903|gb|CD800077.1|CD800077
genomic: CCTTACAACCCCGATGACCTAATGGTGCAGTGTGAGGGGTGCACTGATTGgtgagttatt ... tttgattcagGTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGA
EST: CCTTACAACCCCGATGACCTAATGGTGCAGTGTGAGGGGTGCACTGATTG GTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGAEST: gi|71875325|gb|DT024380.1|DT024380
genomic: CCTTACAACCCCGATGACCTAATGGTGCAGTGTGAGGGGTGCACTGATTGgtgagttatt ... tttgattcagGTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGA
EST: CCTTACAACCCCGATGACCTAATGGTGCAGTGTGAGGGGTGCACTGATTG GTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGA
genomic: CCTTACAACCCCGATGACCTAATGGTGCAGTGTGAGGGGTGCACTGATTGgtgagttatt ... tttgattcagGTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGA
ttgtgaattatgcacttagaccaaagcaatcttcagcatgctacttttgattcagGTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGAGCACTTTTTCTGCCAAAATTGTTCTTCTGAAGATCAAAAGAAGTTGCTG
ttttgat putative branch site (score: 4)
ctactttt CT-rich tract
ttttgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agccaacaagtatcctataaaaaaaacttccatttctggggtaaattgtgaattatgcacttagaccaaagcaatcttcagcatgctacttttgattcagGTTTCATCCTGCTTGTATAGACATGACTCCAGAGGAAGCTAAAAGACTCGAGCACTTTTTCTGCCAAAATTGTTCTTCTGAAGATCAAAAGAAGTTGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- ccaacaa
- - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - -ccatttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggggtaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgct