Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctactaatcatacaaaacatgtcatctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0017g01350.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g42950.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctactaatcatacaaaacatgtcatctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
   |    |       | |||     ||  | ||  | | ||   |  |||    ||  ||  | |  | ||  ||  ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || || |||||||||||||| || ||| |||| |||||  | ||| | |
--gtaatatcgtgaggcctctgatgtttcctaattac-tgttacctagtcttaagatgttaacatatctctctcctttttctcagGAATTCAAGGGCTATGTCTTCAAGATCATGGGGGGTTGTGACAAGCAGGGTTTCCCTATGAAGCAGGGAGTGCTCACTGCTGGACGTGTCCGCCTTCTTC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g27260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctact-aatcatacaaaacatgtcatctgctt-cacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
|||    | ||  ||  ||  | |  | |||  ||   | |  |   || || | | |   |  |   |  |  |||| ||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||| |||| |||||  | ||| | |
gta-atttctttggcaatttgctccatgattcttcaactgtcttgctatttaatgagttggatgactaagtttgtctgtttgtacagGAATTCAAGGGCTATGTATTCAAGATCATGGGAGGCTGTGACAAGCAAGGTTTCCCCATGAAGCAGGGTGTGCTTACTTCTGGACGTGTCCGCCTTCTCC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G040600_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
--gtatgccttttctgctct----tctcccacttatttatctcatattgtt--tgatctactaatcatacaaa------acatgt-catctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
  ||     ||     || |    |  |  | || || |||    | | ||  |||| |  || | | | | |      | |||| | | || ||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||  ||||| |||| |||||| | ||| |||
gagttgaatttacaaactttgggatgacttatttcttgatccatgactcttgctgatgtcatacttaaatataggtgtgatatgttcctttgttttgcagGAGTTCAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAGCAAGGGTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTTTGACTTCTGGTCGTGTTCGCCTTCTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G054136_T09 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgccttttc-tgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctactaatcata--caaaacatgtca-tctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
|||  | ||    ||   |  | |    |   |  ||| |  || ||       |||  |||      | ||||   | || ||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||  ||||| |||| |||||| ||||| |||
gtaaactttgggatgacttatttcttgatccatgactcttgctgatttcatacttaaatataggtgtgatatgtttctttgttttgcagGAGTTCAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAGCAAGGCTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTTTGACTTCTGGTCGTGTTCGTCTTCTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G054136_T08 (Zea mays), 3'ss of exon 3
------------------------gtatgccttttc-tgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctactaatcatacaa----aacatgtca-tctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
                        |||  | ||    ||   |  | |    |   |  ||| |  || ||       |||  ||| |      | ||||   | || ||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||  ||||| |||| |||||| ||||| |||
gtcagtggtgatgctctgggtgaggtaaactttggggtgacttatttcttgatccatgactcttgctgatttcatacttaaaaatataggtgtgatatgtttctttgttttgcagGAGTTCAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAGCAAGGCTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTTTGACTTCTGGTCGTGTTCGTCTTCTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G054136_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 3
---------gtatgccttttc-tgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctactaatcatacaaa----acatgtca-tctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
         |||  | ||    ||   |  | |    |   |  ||| |  || ||       |||  ||| |      | ||||   | || ||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||  ||||| |||| |||||| ||||| |||
ctgggtgaggtaaactttggggtgacttatttcttgatccatgactcttgctgatttcatacttaaaaatataggtgtgatatgtttctttgttttgcagGAGTTCAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAGCAAGGCTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTTTGACTTCTGGTCGTGTTCGTCTTCTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G054136_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgccttttc-tgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctactaatcatacaaa----acatgtca-tctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
|||  | ||    ||   |  | |    |   |  ||| |  || ||       |||  ||| |      | ||||   | || ||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||  ||||| |||| |||||| ||||| |||
gtaaactttggggtgacttatttcttgatccatgactcttgctgatttcatacttaaaaatataggtgtgatatgtttctttgttttgcagGAGTTCAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAGCAAGGCTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTTTGACTTCTGGTCGTGTTCGTCTTCTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G851698_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgccttttctgctcttctcccacttatt---tatctcatattgtttgatcta---ctaatcatacaaaacatgt-catctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
   |   ||||||||| |  |    |||  |   |  | | ||||| |   |  |    |||| |||      ||||   |||  ||  |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| |||||| |||| |||||  | ||| |||
--gtaaattttctgctttcttatttcttgatccatgccccctattgctgatttcatacttaattataggtgtgatgtgtttcttttttgcagGAGTTTAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAACAAGGCTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTCTGACTTCTGGTCGTGTCCGCCTTCTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G851698_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgccttttctgctcttctcccacttatt---tatctcatattgtttgatctac---taatcatacaaaacatgt-catctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
   |   ||||||||| |  |    |||  |   |  | | ||||| |   |  |    |||| |||      ||||   |||  ||  |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |                                                               
--gtaaattttctgctttcttatttcttgatccatgccccctattgctgatttcatacttaattataggtgtgatgtgtttcttttttgcagGAGTTTAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGAT---------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G45770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatgcctttt--ctgctcttctcccacttatttatctcatat-tgtttgatctac--taatcatacaaaacatgtcat----ctgcttc--acagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
||||||  |||  |||||   ||   |  | |       || | || |  || ||   | || ||  |       ||||    ||| | |  |||||| || ||||||||||| ||||| || |  || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
gtatgctctttagctgctaaccttaaatgtctcctctgaatttctgctgaatttataatgattatctattcaccttcatgactctgttgccaacagGAATTTAAGGGCTATGTCTTCAAAATTACCGGAGGTTGTGACAAACAAGGATTTCCAATGAAGCAGGGAGTGCTGACTCCTGGTCGTGTTAGACTTTTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA07G31840.3 (Glycine max), 3'ss of exon 2
---------------gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctactaatcatacaaaacatgtca-tctgcttc-acagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
               | |   ||| |    |||    |   |  | | | |  |   |  | |   | | |||    ||    | | | | |||  |   ||||||| || || ||||||||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||| | |||||||
gtatgctcgttagctggaaatcttattatatctgtgtctgttcctattttttgtggagcattaagaaatgatctattaacctctataactttgccactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACCGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCTATGAAGCAGGGAGTGCTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTTTTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G09330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
gtatgccttttctgctctt-ctcccacttatttatctca-tattgtttga------------tctactaatcatacaaaacatgtcatc-tgct--tcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
||||||  | |         |   ||  || || | ||| |||  |||||              || | ||| |   ||   |   ||  ||||  | | |||| || || || ||||| ||||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |||||  ||||||||
gtatgctctgtagatcaaaaccttcaaatacttgtttcaatatcttttgaggagcattgataattattgatcttgtcaactttaaaattatgctactaatagGAATTTAAAGGATATGTCTTCAAAATCACTGGTGGTTGTGACAAACAAGGATTTCCAATGAAGCAGGGAGTGCTAACACCTGGCTGTGTTCATCTTTTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
----------------gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatatt--gtttgatctactaatcatacaaaacatgtca-tctgcttc-acagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
                | |  | | || |     | ||     |   ||| | |  |   | || |  || | |||    ||   || | | | |||| |   ||||||| || || ||||||||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||  |||| ||||| |||||| | || ||||
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcctattttaggtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G26190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtatgcctttt--ctgctcttctcccacttatttatctcatattgtttga---tctactaatcatacaaaacatgtcatctgcttc-----acagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
||||||  |||  |||||   ||   |   ||       || ||   |||   | || | || ||  |       ||||   |||      |||||| || ||||||||||| ||||| || |  || ||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||| |||||| | |||||||
gtatgctctttagctgctaaccttaaatgcatcctctcaatttttgctgaatttttaatgattatctattcaccttcatgctcttttgccaacagGAATTTAAGGGCTATGTCTTCAAAATTACTGGAGGTTGTGACAAACAAGGATTCCCGATGAAACAGGGAGTGCTTACTCCTGGTCGTGTTCGACTTTTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA15G08210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
--------------gtatgccttttctgct------cttctcccacttatttatctcatattgtt---tgatctactaatcatacaaaacatgtcatctgct--tcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
              | |  ||||   |  |       |||    | |||  |     | |||| |   ||||   || |||   |    | | | || ||||  | |||||| ||||| |||||||| ||||| || |  || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||  |||| ||||| |||||| | || ||||
gtatggtttttgctggaacccttccatagtgcagagtttcctgaagttacctgagaaacattgatcaatgattggcttatccgtcctttcttat-atttgctacttacagGAATTCAAAGGCTATGTCTTCAAAATTACTGGAGGTTGCGACAAGCAAGGATTTCCAATGAAGCAAGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGCCTCTTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G31130.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgcctttt-ctgctcttctcccac---------ttatttatctcatattgtt---tgatctactaatcatacaaaacatgtcatctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
|||||  |||  |||   | || ||||         ||   |     | |||| |   ||||   || ||  | |    | |||  |     |  ||||| ||||| || ||||| ||||| || |  || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||  |||| ||||| |||||| | || ||||
gtatggttttggctggaatccttccacagtgcagtgtttcctgagaaacattgatcaatgattggcttattctccttttcttgttttgctacttgcagGAATTCAAAGGTTATGTCTTCAAAATTACTGGAGGTTGCGACAAGCAAGGATTTCCAATGAAGCAAGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGCCTCTTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT4G31700.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
---------gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgttt--gatctactaatcatacaaaacatgtcatctgct----tcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
          |     |||  | || |  ||  |    | |      ||   |||   | |   | || ||        | | |  || |    |  ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||| || |||||||| || || ||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||||
aggtacagattccatttttcttactttgatctaatgagtgtgaagattagcatttcgaagcagatgatgatgttttgtttatgaattgttgttattgcagGAGTTCAAAGGATACGTTTTCAAGATCAAGGGTGGTTGCGATAAGCAAGGTTTCCCAATGAAGCAGGGAGTTTTGACTCCAGGCCGTGTTCGCCTTTTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT4G31700.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-------gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgttt--gatctactaatcatacaaaacatgtcatctgct----tcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
        |     |||  | || |  ||  |    | |      ||   |||   | |   | || ||        | | |  || |    |  ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||| || |||||||| || || ||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||||
gtacagattccatttttcttactttgatctaatgagtgtgaagattagcatttcgaagcagatgatgatgttttgtttatgaattgttgttattgcagGAGTTCAAAGGATACGTTTTCAAGATCAAGGGTGGTTGCGATAAGCAAGGTTTCCCAATGAAGCAGGGAGTTTTGACTCCAGGCCGTGTTCGCCTTTTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G10360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gt-atgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctactaatcatacaaaa-----catgtcatctgct--tcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
|| |    |||||| ||  |       || ||| |    | ||||  | ||     |    ||| ||       |||  |  |||  |  ||||| |||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||||| || ||||| || ||||| || |||||  |||||||||
gtgaaattttttctcctggttcagtgtttttttctgatgtcttgtgagttcagtatacttaacagaattgtgtgtgttttgagctatttgcagGAATTCAAGGGATACGTATTCAAGATCATGGGAGGATGTGACAAGCAAGGTTTCCCAATGAAACAAGGAGTTCTCACTCCAGGGCGTGTCCGTCTTTTGC

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S311_33V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctactaatcatacaaaacatgtcatctgcttcacag-
                                                                 |   || | | ||||      ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||| ||  |||| |  || |||||    ||  ||          
--------------------------------------------------------------gtcagtggtgaccagcttggtgatgagttcaagggatacgttttcaagattatgggaggatgtgacaagcagggtttccccatgaagCAGGGTGTCTTGACCCAGGGACGTGTGCAACTGCTGATGCACCGAG

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ14726 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgtttga--tctactaatcatacaaaacatgtcatctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
                             |  ||         |||||  | | ||  |  | | ||       || |||    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||| | || || || ||||||||||| || || |   |    |||||  | ||  || 
----------------------------gtgaattcgtcggcatttgagctttgctgtttgttctaag------atttgcagtgcagGAATTCAAAGGCTATGTCTTCAAGATCATGGGAGGATGTGACAAGGATGGCTTCCCTATGAAGCAGGGCGTCCTCAAGACGAAGCGTGTGCGCCTCCTGT

upper sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ26393 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgtttga--tctactaatcatacaaaacatgtcatctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
                             |  ||         |||||  | | ||  |  | | ||       || |||    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||| | || || || ||||||||||| || || |   |    |||||  | ||  || 
----------------------------gtgaattcgtcggcatttgagctttgctgtttgttctaag------atttgcagtgcagGAATTCAAAGGCTATGTCTTCAAGATCATGGGAGGATGTGACAAGGATGGCTTCCCTATGAAGCAGGGCGTTCTCAAGACGAAGCGTGTGCGCCTCCTGT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351041278|gb|FQ447405.1|FQ447405
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTACGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|161708372|gb|FC057494.1|FC057494
EST:     TTTATGACAAGAAGATCTCACAGGAAGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAAGGCTATGTT
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTT
EST: gi|71858575|gb|DT007630.1|DT007630
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110709928|gb|EE085815.1|EE085815
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|30254132|gb|CB971147.1|CB971147
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|30303751|gb|CB980545.1|CB980545
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110686550|gb|EE064318.1|EE064318
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|34549826|gb|CF518058.1|CF518058
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110703116|gb|EE079679.1|EE079679
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110692010|gb|EE070768.1|EE070768
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110686044|gb|EE063293.1|EE063293
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|161714863|gb|FC063014.1|FC063014
EST:     TTTATGACGAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|30303557|gb|CB980351.1|CB980351
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110690121|gb|EE066941.1|EE066941
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|77584224|gb|DV221176.1|DV221176
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110703874|gb|EE081192.1|EE081192
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110687325|gb|EE064639.1|EE064639
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|351031319|gb|FQ445344.1|FQ445344
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|349818266|gb|FQ409041.1|FQ409041
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|71872051|gb|DT021106.1|DT021106
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110686489|gb|EE064185.1|EE064185
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|351043763|gb|FQ431315.1|FQ431315
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110705320|gb|EE082057.1|EE082057
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|77582325|gb|DV220132.1|DV220132
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110702349|gb|EE080961.1|EE080961
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|161718545|gb|FC065376.1|FC065376
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|33406814|gb|CF212441.1|CF212441
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|161710419|gb|FC061114.1|FC061114
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACT-GTCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|294967313|gb|GW836667.1|GW836667
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAA-GG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110687004|gb|EE064045.1|EE064045
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|71858106|gb|DT007161.1|DT007161
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110695508|gb|EE073605.1|EE073605
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110689843|gb|EE066424.1|EE066424
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|33407688|gb|CF213315.1|CF213315
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGGTCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|161709975|gb|FC058485.1|FC058485
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACT-GTCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|349814419|gb|FQ398859.1|FQ398859
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTACGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110387508|gb|EC952179.1|EC952179
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110686570|gb|EE064362.1|EE064362
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|71865483|gb|DT014538.1|DT014538
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|352798903|gb|FQ480752.1|FQ480752
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTACGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|351022641|gb|FQ428550.1|FQ428550
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTACGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|349818085|gb|FQ408860.1|FQ408860
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTACGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110730438|gb|EE107514.1|EE107514
EST:     ATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: ATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|30135834|gb|CB921172.1|CB921172
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|349812997|gb|FQ411237.1|FQ411237
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|349831058|gb|FQ420728.1|FQ420728
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110687107|gb|EE064226.1|EE064226
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|351012895|gb|FQ430458.1|FQ430458
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTACGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|352793839|gb|FQ481993.1|FQ481993
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTACGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|349823129|gb|FQ400108.1|FQ400108
EST:     TTTATGACGAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTACGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|33407408|gb|CF213035.1|CF213035
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110708752|gb|EE086649.1|EE086649
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110692741|gb|EE068362.1|EE068362
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110732397|gb|EE107650.1|EE107650
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|351021777|gb|FQ437162.1|FQ437162
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTACGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110707350|gb|EE083672.1|EE083672
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110689801|gb|EE066341.1|EE066341
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|110730182|gb|EE106970.1|EE106970
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGTGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
EST: gi|351046234|gb|FQ442612.1|FQ442612
EST:     TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAG                         GAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG
genomic: TTTATGACAAGAGGATCTCACAGGAGGTCAATGGGGATGCACTGGGCGAGgtatgccttt ... tgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatctcatattgtttgatctactaatcatacaaaacatgtcatctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC
                    tactaat  putative branch site (score: 1)
                                           tctgcttc  putative PPT
       atattgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatattgtttgatctactaatcatacaaaacatgtcatctgcttcacagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC