1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtatatattttaccatttcttttttcttcactaactagtactatggtttggcttgaaatacattatggctttgattgatcacaaaataccaatgtacatctatgtagGTATTGAGATATATTGTGCTCCTTCGGCCGATTCCGGGGATACATGGGTAGCTACAATGAGACACGTCGCTATGGAGGGTGGATGCTATGTTCTTTCACC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv02s0109g00430.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGTTGGGAAAATAGAATGCCGCTGCTAAGGACAGCAATGTATGGCAAAG GTATTGAGATATATTGTGCTCCTTCGGCCGATTCCGGGGATACATGGGTAGEST: gi|161720887|gb|FC070990.1|FC070990
genomic: TTGTTGGGAAAATAGAATGCCGCTGCTAAGGACAGCAATGTATGGCAAAGgtatatattt ... atctatgtagGTATTGAGATATATTGTGCTCCTTCGGCCGATTCCGGGGATACATGGGTAG
EST: TTGTTGGGAAAATAGAATGCCGCTGCTAAGGACAGCAATGTATGGCAAAG GTATTGAGATATATTGTGCTCCTTCGGCCGATTCCGGGGATACATGGGTAG
genomic: TTGTTGGGAAAATAGAATGCCGCTGCTAAGGACAGCAATGTATGGCAAAGgtatatattt ... atctatgtagGTATTGAGATATATTGTGCTCCTTCGGCCGATTCCGGGGATACATGGGTAG
ttgaaatacattatggctttgattgatcacaaaataccaatgtacatctatgtagGTATTGAGATATATTGTGCTCCTTCGGCCGATTCCGGGGATACATGGGTAGCTACAATGAGACACGTCGCTATGGAGGGTGGATGCTATGTTCTTTCACC
gattgat putative branch site (score: 4)
atacattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatattttaccatttcttttttcttcactaactagtactatggtttggcttgaaatacattatggctttgattgatcacaaaataccaatgtacatctatgtagGTATTGAGATATATTGTGCTCCTTCGGCCGATTCCGGGGATACATGGGTAGCTACAATGAGACACGTCGCTATGGAGGGTGGATGCTATGTTCTTTCACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA