Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaataggtgctctccatttcccttggaagtcttgatgtcaactgaattgatgtcggtgtaaatattgtttcctcatgtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAGCCGATGCCCAGAATTTTGCCTTTGCACTGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g00130.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g03180.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaataggtgctctccatttcccttgg------aagtcttgatgtcaac--tgaatt-gatgtcggtgtaaatattgtttcctcatgtctgc---atagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAGCCGATGCCCAGAATTTTGCCTTTGCACTGAG
      |||    || |||| | |         | |  | |||   |||  ||  || ||  ||  || |   |||    |  ||  ||||     ||| ||||| || |||||||| || ||||| || ||||| | |||||| ||||||||||||||||| || || |||   ||||||
--gtggggtttcttctattttcttctacttgctatggttagatacgaacattgtgttagacctccctgaatccatt-cccctgcacctctgtcttgtagATATGTCTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGTGGGAAGTGTGGTGAAAGCCGATGCCCAGAGTTCTGTCTTGCTACTGAG

upper sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA05G37590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaataggtgctctccatttcccttggaagtcttgatgtcaactgaattgatgtcggtgtaa-atat-tgtttcctcatgtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAGCCGATGCCCAGAATTTTGCCTTTGCACTGAG
||||| | | || |   | |          |    |  | |  |  | |  |||  |||| | |||| ||| |  | || | | |  || ||    ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||
gtaattgatactatttctgttttcccaggattccaaaatgatttacagtc-tgtttgtgtgatatatctgtcttattatttgttc-cagATACACATGTTGTGCTGGCTACATGCCTTGCAGTGGTAGGTGTGGAGAAAGTAAATGTCCAGAATTTTGCCTTTGCACTGAG

upper sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G01990.3 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtaataggtgctctccatttcccttggaagtcttgatgtcaactgaattga-tgtcggtgtaa-atat-tgtttcctcatgtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAGCCGATGCCCAGAATTTTGCCTTTGCACTGAG
||||| | | || |   | |       |  |    |  | |  |  || |  |||  |||| | |||| |||    | || | | |  |||||    ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||||||   ||| || |||||||||||||||||||||
gtaattgatactatttctgttttcccaagattccaaaatgatttacatagtctgtatgtgtgatatatctgtcgtataatttgttc-cagGTACACATGTTGTGCTGGCTACATGCCTTGCAGTGGTAGGTGTGGAGAAAGTAAATGTCCTGAATTTTGCCTTTGCACTGAG

upper sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G02480.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
------gtaataggtgctctccatttcccttggaagtcttgatgtcaactgaattg-----atgt-cggtg-taaatattgtttcctcatgtctgcat-agGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAGCCGATGCCCAGAATTTTGCCTTTGCACTGAG
       ||||   | || | ||  | |     || |    |  | || |  || |     ||||  | || |  |||| |||| ||  ||| |||   || ||    |||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||   ||| || ||| | |||||| |    |||
gtaataataattaattctgttcaagttctcccaaatttcaaaattgaattatatggtttaaatgtgtgatgattgatatggttttcttttgtttgctccagATACACTTGTTGTGCTGGTTACATGCCCTGCAGTGGTCGGTGTGGAGAAAGTAAATGTCCTGAACTCTGCCTTGGTGTGGAG

upper sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA01G43010.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
---gtaataggtgctctccat-ttcccttggaagtct--------tgatgtcaactgaattgatgt-cggtg-taaatattgtttcctcatgtctgcat-agGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAGCCGATGCCCAGAATTTTGCCTTTGCACTGAG
    |||  | | || | ||  ||| |   ||  ||         | || |    | |||| ||||  | |     |||| |||  ||  ||| | |   || ||    |||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||   ||| || ||| | |||||| |  | |||
gtaataactgattctgtacaagttctcccagatttcaaaaatgaattatatggtttaaattaatgtgtgataacttatatggttatcttttgtttactccagATACACATGTTGTGCTGGTTACATGCCCTGCAGTGGTCGGTGTGGAGAAAGTAAATGTCCTGAACTCTGCCTTGGTGCGGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110715828|gb|EE094325.1|EE094325
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|71876558|gb|DT025613.1|DT025613
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110719570|gb|EE094813.1|EE094813
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110718422|gb|EE095239.1|EE095239
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110718576|gb|EE095569.1|EE095569
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110722846|gb|EE099484.1|EE099484
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|71855736|gb|DT004791.1|DT004791
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|30323648|gb|CD006910.1|CD006910
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|77583957|gb|DV221019.1|DV221019
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110720498|gb|EE096475.1|EE096475
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110720581|gb|EE096628.1|EE096628
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|26261997|gb|CA813060.1|CA813060
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGTTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|77583228|gb|DV220653.1|DV220653
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110717840|gb|EE094048.1|EE094048
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110709314|gb|EE084676.1|EE084676
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|161713830|gb|FC063465.1|FC063465
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|34546969|gb|CF515201.1|CF515201
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|156738897|gb|EV243018.1|EV243018
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|37189488|gb|CF608837.1|CF608837
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|32249632|gb|CD715451.1|CD715451
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110711755|gb|EE088596.1|EE088596
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110719017|gb|EE096514.1|EE096514
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110719739|gb|EE095129.1|EE095129
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|30305064|gb|CB981858.1|CB981858
EST:     TCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|161718232|gb|FC066020.1|FC066020
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|71873346|gb|DT022401.1|DT022401
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|30298828|gb|CB975622.1|CB975622
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGTGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|28959960|gb|CB339981.1|CB339981
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|349827844|gb|FQ422712.1|FQ422712
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|71855683|gb|DT004738.1|DT004738
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|30305007|gb|CB981801.1|CB981801
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|30137552|gb|CB922890.1|CB922890
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110718516|gb|EE095437.1|EE095437
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|71856757|gb|DT005812.1|DT005812
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110719159|gb|EE096816.1|EE096816
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110728525|gb|EE104171.1|EE104171
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|71856874|gb|DT005929.1|DT005929
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|294966746|gb|GW837765.1|GW837765
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCGAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|161717044|gb|FC066540.1|FC066540
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|110718395|gb|EE095180.1|EE095180
EST:     TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGCCAAG                         GTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtg ... gtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatgtcaactgaattgatgtcggtgtaaatattgtttcctcatgtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAGCCGATGCCCAGAATTTTGCCTTTGCACTGAG
             aattgat  putative branch site (score: 4)
                         tgtaaatattgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaataggtgctctccatttcccttggaagtcttgatgtcaactgaattgatgtcggtgtaaatattgtttcctcatgtctgcatagGTATGTGTGTTGTGCTGGTTATATGCCCTGTAGTGGAAGGTGTGGAGAAAGCCGATGCCCAGAATTTTGCCTTTGCACTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA