1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtgatttattagtttttgtgctcaacattctggtggagaatgatgatcattataataagatacattttatagattatttttgttggttattttgaatattttattttcttaatattttgcattttatgcaagcaaaaatcatataatctctgcaaacctcacttgttgaatatcttgcagGTGTCAATGAAGTATCCACAATTCCTGCTGCTGTCAGTATCGTTACCCACTCCAGCTCAAGAGGCAGTTTTCTCTGGTGGGCTTCCCTTTGGAGCCATAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0011g05400.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACTGGATTACCAATGGGTTGAGTTTGATGATGTTCGCTACCATGTTCAG GTGTCAATGAAGTATCCACAATTCCTGCTGCTGTCAGTATCGTTACCCACTEST: gi|294966476|gb|GW839583.1|GW839583
genomic: AACTGGATTACCAATGGGTTGAGTTTGATGATGTTCGCTACCATGTTCAGgtgatttatt ... tatcttgcagGTGTCAATGAAGTATCCACAATTCCTGCTGCTGTCAGTATCGTTACCCACT
EST: AACTGGATTACCAATGGGTTGAGTTTGATGATGTTCGCTACCATGTTCAG GTGCCAATGAAGTATCCACAATTCCTGCTGCTGTCAGTATCGTTACCCACT
genomic: AACTGGATTACCAATGGGTTGAGTTTGATGATGTTCGCTACCATGTTCAGgtgatttatt ... tatcttgcagGTGTCAATGAAGTATCCACAATTCCTGCTGCTGTCAGTATCGTTACCCACT
atgcaagcaaaaatcatataatctctgcaaacctcacttgttgaatatcttgcagGTGTCAATGAAGTATCCACAATTCCTGCTGCTGTCAGTATCGTTACCCACTCCAGCTCAAGAGGCAGTTTTCTCTGGTGGGCTTCCCTTTGGAGCCATAG
acctcac putative branch site (score: 3)
aaaaatcatataatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgatttattagtttttgtgctcaacattctggtggagaatgatgatcattataataagatacattttatagattatttttgttggttattttgaatattttattttcttaatattttgcattttatgcaagcaaaaatcatataatctctgcaaacctcacttgttgaatatcttgcagGTGTCAATGAAGTATCCACAATTCCTGCTGCTGTCAGTATCGTTACCCACTCCAGCTCAAGAGGCAGTTTTCTCTGGTGGGCTTCCCTTTGGAGCCATAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG