1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tagcaacgcaaacaaaaatgagagaaaaaattgttcactccagtattcaagtttaaaatttgtgtaataacattattgtatggagaatttggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACTATCCAGGTTTTGGTCTATCTGACGGATTACACGGTTATATCTCAAGCTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0011g03620.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAG GTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACTEST: gi|71864904|gb|DT013959.1|DT013959
genomic: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAGgttagtgatt ... ggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACT
EST: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAG GTATTGCGAAGCANATTGCTGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACTEST: gi|71870300|gb|DT019355.1|DT019355
genomic: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAGgttagtgatt ... ggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACT
EST: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAG GTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACTEST: gi|71863380|gb|DT012435.1|DT012435
genomic: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAGgttagtgatt ... ggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACT
EST: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAG GTATTGCGAAGCAAATTGCTGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACTEST: gi|71863974|gb|DT013029.1|DT013029
genomic: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAGgttagtgatt ... ggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACT
EST: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAG GTATTGCGAAGCAAATTGCTGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACTEST: gi|71866817|gb|DT015872.1|DT015872
genomic: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAGgttagtgatt ... ggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACT
EST: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAG GTATTGCGAAGCANATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACTEST: gi|71861822|gb|DT010877.1|DT010877
genomic: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAGgttagtgatt ... ggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACT
EST: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAG GTATTGCGAAGCANATTGCTGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACTEST: gi|71861840|gb|DT010895.1|DT010895
genomic: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAGgttagtgatt ... ggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACT
EST: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAG GTATTGCGAAGCANATTGCTGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACT
genomic: CTTGTGTTTCTGCCATGGATATGGTGACACTTGCACTTTCTTCTTTGAAGgttagtgatt ... ggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACT
ttcaagtttaaaatttgtgtaataacattattgtatggagaatttggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACTATCCAGGTTTTGGTCTATCTGACGGATTACACGGTTATATCTCAAGCTT
taataac putative branch site (score: 1)
tcttc putative PPT
tttaaaatttgtgtaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagcaacgcaaacaaaaatgagagaaaaaattgttcactccagtattcaagtttaaaatttgtgtaataacattattgtatggagaatttggatcttcagGTATTGCGAAGCAAATTGCCGCTTCTGGGTATGCTGTATATGCTTTGGACTATCCAGGTTTTGGTCTATCTGACGGATTACACGGTTATATCTCAAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - -aaacaaa
- - - - - - - - aatgaga
- - - - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - -cactcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aataaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatgg