1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ctgcagcttggaagttttggatctttcaggaaatgatattagtgatgcgggaattgaatttgtagacagtttatctacatgcagtaacagtagcttgaagGAATTGTTTTTGGGGCAAAATCAATTCAATGGCCATTTTCCTGATTCCTTTGGATATCTTAAGAATTTAAGATTGATAGATGTGTTTGATAATCGATTAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0010g03070.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgcgggaattgaatttgtagacagtttatctacatgcagtaacagtagcttgaagGAATTGTTTTTGGGGCAAAATCAATTCAATGGCCATTTTCCTGATTCCTTTGGATATCTTAAGAATTTAAGATTGATAGATGTGTTTGATAATCGATTAA
cagtaac putative branch site (score: 2)
aattgaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgcagcttggaagttttggatctttcaggaaatgatattagtgatgcgggaattgaatttgtagacagtttatctacatgcagtaacagtagcttgaagGAATTGTTTTTGGGGCAAAATCAATTCAATGGCCATTTTCCTGATTCCTTTGGATATCTTAAGAATTTAAGATTGATAGATGTGTTTGATAATCGATTAA
ctgcagc
- - - - - - - - - - - - - -aggaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aattgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatgca