Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtatttttggccactttatcttatcatattgattatttattttggatcttgagccatttttttttgtctctttttgctaataaggtttggttttggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g00950.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351028084|gb|FQ425985.1|FQ425985
EST:     CCCCC-TTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
EST: gi|351043445|gb|FQ444045.1|FQ444045
EST:     CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
EST: gi|37184688|gb|CF604042.1|CF604042
EST:     CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
EST: gi|349829684|gb|FQ421202.1|FQ421202
EST:     CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
EST: gi|349824351|gb|FQ417738.1|FQ417738
EST:     CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
EST: gi|110708043|gb|EE085132.1|EE085132
EST:     CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
EST: gi|110694296|gb|EE071276.1|EE071276
EST:     CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACATCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
EST: gi|351040557|gb|FQ434690.1|FQ434690
EST:     CCCCC-TTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
EST: gi|351014955|gb|FQ444244.1|FQ444244
EST:     CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
EST: gi|351029069|gb|FQ435269.1|FQ435269
EST:     CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
EST: gi|110687900|gb|EE065836.1|EE065836
EST:     CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATG                         ATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACATCTGCCCTACTTGGTTAT
genomic: CCCCCTTTGGATGCCACCAAACATGgtaagtattt ... tggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgagccatttttttttgtctctttttgctaataaggtttggttttggctttcagATAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT
                          tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                                ctttc  putative PPT
       atttttttttgtct  TA-rich tract