Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgaacaagactctgttctccctacctttggttaataaatcatgtcctttccagtgactaatcatattgccatgttgctatgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATGGTGTAGAGTTCACTGTCAAAGAGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0769g00010.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0769g00010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G48570.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-------------gtactgaacaagactctgttctccctacctttggtt-aata-aatcatgtcctttccagtga--ctaatcatattgccatgttgctatgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATGGTGTAGAGTTCACTGTCAAAGAGG
             || ||    | || | || | |   |   | || |  |||| | || ||||  |     ||   || ||    ||      ||| ||     ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||
gtgcgtgtttttcgt-cttcctatgattttggtttgattctttgtgctggaatatagtcttgtcgatgttgttggttctgatttgttttatggtttggtaccgtggcagTCAAGTATGAAGCTCGGCTTGAGGATGGCACCATTGTTGGAAAGTCTGATGGTGTAGAGTTTACTGTCAAGGAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110689824|gb|EE066384.1|EE066384
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAAGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|71873918|gb|DT022973.1|DT022973
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|161717751|gb|FC068159.1|FC068159
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAA-TCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|34546871|gb|CF515103.1|CF515103
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAAGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|30132799|gb|CB918138.1|CB918138
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAAAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|34319038|gb|CF371792.1|CF371792
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCA-GGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAAGCTCGGCTAGAGGATGGC
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGC
EST: gi|30132743|gb|CB918082.1|CB918082
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAAAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|110699844|gb|EE077215.1|EE077215
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|110365463|gb|EC928491.1|EC928491
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAAGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|34546797|gb|CF515029.1|CF515029
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|34548843|gb|CF517075.1|CF517075
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAAGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|110700523|gb|EE078663.1|EE078663
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAAAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|352782187|gb|FQ470089.1|FQ470089
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAAAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         T-AAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|110690423|gb|EE067508.1|EE067508
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|34550935|gb|CF519143.1|CF519143
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAAGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|161718283|gb|FC066965.1|FC066965
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCAC
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCAC
EST: gi|110699434|gb|EE076427.1|EE076427
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|352769557|gb|FQ468485.1|FQ468485
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGGTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|28969463|gb|CB348496.1|CB348496
EST:     ACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAAGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: ACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|34546618|gb|CF514850.1|CF514850
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
EST: gi|34550055|gb|CF518287.1|CF518287
EST:     CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTG                         TTAAGTATGAAGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG
genomic: CACTGAAGGAGACAAATGGGAGAACCCCAAGGACCTTGATGAAGTGTTTGgtactgaaca ... atgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataaatcatgtcctttccagtgactaatcatattgccatgttgctatgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATGGTGTAGAGTTCACTGTCAAAGAGG
                     gactaat  putative branch site (score: 2)
                        taatcatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtactgaacaagactctgttctccctacctttggttaataaatcatgtcctttccagtgactaatcatattgccatgttgctatgaatgcagTTAAGTATGAGGCTCGGCTAGAGGATGGCACCTTGGTTGCAAAATCTGATGGTGTAGAGTTCACTGTCAAAGAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG