1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtagattctattatctgtgggaaactataaatttgagttgtcaattatcatatgtggacaatattatcaaagtgtatgacttgtcctttttgtcttcttgatccagCTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGTATGTCTAATGCGCCTAAATACCTAGTATA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0531g00050.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAG CTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTGEST: gi|77584049|gb|DV221063.1|DV221063
genomic: TTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAGgtagattcta ... cttgatccagCTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTG
EST: TTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAG CTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTGEST: gi|77586184|gb|DV222186.1|DV222186
genomic: TTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAGgtagattcta ... cttgatccagCTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTG
EST: TTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAG CTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTGEST: gi|71877133|gb|DT026188.1|DT026188
genomic: TTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAGgtagattcta ... cttgatccagCTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTG
EST: TTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAG CTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTGEST: gi|37186247|gb|CF605600.1|CF605600
genomic: TTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAGgtagattcta ... cttgatccagCTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTG
EST: TTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAG CTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTG
genomic: TTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAGgtagattcta ... cttgatccagCTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTG
atgtggacaatattatcaaagtgtatgacttgtcctttttgtcttcttgatccagCTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGTATGTCTAATGCGCCTAAATACCTAGTATA
tcttgat putative branch site (score: 4)
cttgtcctttttgtct CT-rich tract
acaatattatcaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagattctattatctgtgggaaactataaatttgagttgtcaattatcatatgtggacaatattatcaaagtgtatgacttgtcctttttgtcttcttgatccagCTATAATGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGTATGTCTAATGCGCCTAAATACCTAGTATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA