1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gcattttatttttatttttatagtgaacttgaatgcagtaggaatatcattatgcatattttatatggtgatttactaaaatcccttctccacttgttagGTGGGCAATTGTATATCTGGCACAGATGAACCCACTCATTGTCCCAATCCTCAATGAAGTGGAGTGAGATGATTCTACAAAGAGTGCATGCGGAAGATTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0187g00310.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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atcattatgcatattttatatggtgatttactaaaatcccttctccacttgttagGTGGGCAATTGTATATCTGGCACAGATGAACCCACTCATTGTCCCAATCCTCAATGAAGTGGAGTGAGATGATTCTACAAAGAGTGCATGCGGAAGATTG
tactaaa putative branch site (score: 1)
tcccttctccacttgt CT-rich tract
atattttatatggtga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcattttatttttatttttatagtgaacttgaatgcagtaggaatatcattatgcatattttatatggtgatttactaaaatcccttctccacttgttagGTGGGCAATTGTATATCTGGCACAGATGAACCCACTCATTGTCCCAATCCTCAATGAAGTGGAGTGAGATGATTCTACAAAGAGTGCATGCGGAAGATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - gaatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aggaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgat
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