Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgctgtcggtgtttttctgttgctattctttaatgtaatagatcagatgactaaccattaattactgttttttacccttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0187g00220.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0187g00220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G08370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
--------------------------gtattgctgtcggtgttt--ttctgttgctattctttaatgtaatagatcagatg----actaaccattaattactgttttttacccttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
                           | | ||| | |    |   |   | | ||  |  ||  |   |   ||||||||    |||| |   || ||||  | |||     || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| 
ggtattaaaattggagtttgacagtcctctggctttagaaactggatcacgctccttgtacttgtttccaattatcagatgtctcactagcatctacttacgttgtttcgtattttttgacaGACTCTTACTTTTGCTTGGGTGAACTTTTTCTTTTCTGGATTTGTAGCA-

upper sequence: Vv00s0187g00220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G44410.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-----------------------------------gtattgctgtcggtgtttttctgttgctattctttaatgtaatagatcagatgactaaccattaattactgttttttacccttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
                                     |||   |    || | || |  |  | |||       ||  ||||    | |||  |  ||| |||   | ||||    ||    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
gtgttaaaattggagtttgacagtgcactagctttagattttggatcatgctcttgtactttttttcccattattaggagat-gcctcactggcttttacttatgttgttttctattttcccacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTGAACTTTTTCTTTTCTGGATTTGTAGCAG

upper sequence: Vv00s0187g00220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT4G12590.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
--gtattgctgtcggtgtttttctgttgctattctttaatgtaatagatcagatgactaaccattaattactgttttttacccttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
  |  |||   | |   | ||||     ||||  |||   || |  | |||  | |  |||   ||       |   ||||| || ||  ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||
gtgagttgtatttgaaatgtttcat---ctatgtttttgcgttactggtcatttaagaaactgata-------tcacttaccattttg--cagACACTCACTTTTGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGATTTGTTGCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|77588076|gb|DV223250.1|DV223250
EST:     GGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: GGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|51051352|gb|CO819013.1|CO819013
EST:     ACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|77586760|gb|DV222522.1|DV222522
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|28961834|gb|CB340921.1|CB340921
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110726655|gb|EE102627.1|EE102627
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110685864|gb|EE062959.1|EE062959
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|29783362|gb|CB349482.2|CB349482
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|77577964|gb|DV217740.1|DV217740
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71881457|gb|DT030512.1|DT030512
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110701548|gb|EE079248.1|EE079248
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|26257347|gb|CA808410.1|CA808410
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110383463|gb|EC947838.1|EC947838
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|34542613|gb|CF510845.1|CF510845
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110396217|gb|EC961898.1|EC961898
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71873805|gb|DT022860.1|DT022860
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110371370|gb|EC935343.1|EC935343
EST:     CTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: CTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|34549179|gb|CF517411.1|CF517411
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGACCCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71875866|gb|DT024921.1|DT024921
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110701549|gb|EE079249.1|EE079249
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|27585127|gb|CB007822.1|CB007822
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGAAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71867954|gb|DT017009.1|DT017009
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|294964063|gb|GW837866.1|GW837866
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|77577299|gb|DV217363.1|DV217363
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|22009765|gb|BQ794799.1|BQ794799
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGANCCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGNTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|352794704|gb|FQ475202.1|FQ475202
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71873978|gb|DT023033.1|DT023033
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71874611|gb|DT023666.1|DT023666
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71875857|gb|DT024912.1|DT024912
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110712770|gb|EE088107.1|EE088107
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71868316|gb|DT017371.1|DT017371
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCT-TGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|34542700|gb|CF510932.1|CF510932
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|33406423|gb|CF212050.1|CF212050
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|26258038|gb|CA809101.1|CA809101
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110729230|gb|EE105337.1|EE105337
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|77584920|gb|DV221543.1|DV221543
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|28961974|gb|CB341013.1|CB341013
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110702874|gb|EE079227.1|EE079227
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|77582909|gb|DV220445.1|DV220445
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|161705722|gb|FC055801.1|FC055801
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCT
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCT
EST: gi|33405791|gb|CF211418.1|CF211418
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71869568|gb|DT018623.1|DT018623
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110363258|gb|EC926834.1|EC926834
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71856647|gb|DT005702.1|DT005702
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|349830208|gb|FQ420468.1|FQ420468
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71875634|gb|DT024689.1|DT024689
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|26257452|gb|CA808515.1|CA808515
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|110381363|gb|EC946692.1|EC946692
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|26257101|gb|CA808164.1|CA808164
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTGGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|26261832|gb|CA812895.1|CA812895
EST:     AAGAA-CTTTCANTGATC-TACCCCAG                         ACTCTTACTTTTCCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: AAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|351013193|gb|FQ424898.1|FQ424898
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|30124839|gb|CB910178.1|CB910178
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
EST: gi|71885150|gb|DT034205.1|DT034205
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAG                         ACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGT
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGT
EST: gi|351016605|gb|FQ424032.1|FQ424032
EST:     ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAT                         ATTTTTACTTTCGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
genomic: ACATGGCTATGGATATGATGAAGAAGAACCTTTCAATGATCATACCCCAGgtattgctgt ... ttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtaatagatcagatgactaaccattaattactgttttttacccttgtggacagACTCTTACTTTTGCTTGGGTTAACTTTTTCTTCTCTGGATTTGTAGCAG
                                ctgttttttaccctt  CT-rich tract
                        attaattactgttttt  TA-rich tract