Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggttgtgagaatttctcatgccattttgtaattattgctttcttctagaatgatttaattctcttggttcatgccatggactggccaaaactgcactggtttgtaccattttgttctttgaattttcaataatatataagacaaggagttgatgctgatgcttctttgttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCAGGAATGGGTGGTGCAGGGATGGGCGGTGGTTTTGCTGCTCCACCACCAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g06860.t01
intron # 29
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 29
lower sequence: GRMZM5G804382_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtatggttgtgagaatttctcatgccattttgtaattattgctttcttctagaatgatttaattctcttggttcatgccatggactggccaaaactgcactggtttgtaccattttgttctttgaattttcaataatatataagacaaggagttgatgctgatgcttctttgttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCAGGAATGGGTGGTGCAGGGATGGGCGGTGGTTTTGCTGCTC-CACCACCAA
                                                                                  |     | ||| || || |    ||| |  ||    |  || |   ||  ||      | || ||    |   |||   | | | | ||    | ||||||| |||||||| || || || |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||  |    |    || ||| |  | ||  |   || ||||
----------------------------------------------------------------------------------gtacatctaaatcttcattcacatgttctgttcgtgtaattaatcatttcat----cctgaggcagttggc--atgacaa-gttacgttccattttgcagAACATGTATGCGCAATTGCTTCCTCTTGCTTTGCCTGCTCCGCCAATGCCTGGCATGGGTGGCCCTCC-ACCTCCGATGGGTGGGATGGGCATGCCTCCAA

upper sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 29
lower sequence: GRMZM2G091121_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtatggttgtgagaatttctcatgccattttgtaattattgctttcttctagaatgatttaattctcttggttcatgccatggactggccaaaactgcactggtttgtaccattttgttctttgaattttcaataatatataagacaaggagttgatgctgatgcttctttgttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCAGGAATGGGTGGTGCAGGGATGGGCGGTGGTTTTGCTGCTC-CACCACCAA
                                                                                |  ||   | ||||| || || |  |||    |||||||       |  | |   ||  | | ||||||          |     |  | ||   | ||||||| |||||||||||| | || ||||| |||||||| || || |||||||| || ||||||||  |    |    || ||| |    ||  |   || || |
-------------------------------------------------------------------------------gtaaac---ctaaaaccgcgctcgcgtgtg---ttttgtttcc---gtgctgaggcattgacatgacaag----------ttgcattcttatgcgatgtgcagAACATGTATGCACAGCTGCTTCCTCTCGCTTTGCCAGCGCCGCCAATGCCTGGCATGGGTGGCCCTCC-ACCTCCGATGGGTGGAATGGGCATGCCTCCCA

upper sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 29
lower sequence: GLYMA02G39360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 29
gtatggttgtgagaatttctcatgccattttgtaattattgctttcttctagaatgatttaattctcttggttcatgccatggactggccaaaactgcactggtttgtaccattttgttctttgaattttcaataatatataagacaaggagttgatgctgatgct--tctttgttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCAGGAATGGGTGGTGCAGGGATGGGCGGTGGTTTTGCTGCTCCACCACCAA--
                                                      |    |    | ||      ||  ||    ||  |||  |        | |  || | ||||  |||||    |    ||  ||| ||| |   ||   | |   | || ||  | |   || | | |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| | |||  |  ||     |       | || | |      
-----------------------------------------------------gtacactccccccctcccccaatatcaaatgctttccattatgaagtcagataatatcctttt--tcttttgggtacatattttatctaatatttggctatcaaattaatactagtttcaattatctccagAATATGTATGCCCAGTTACTACCACTTGCTTTGCCTGCACCACCAATGCCAGGTATGGGTGGAGGAGGC-TATGCTCCACTGACAACACCCC-CTATGGGTG

upper sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 29
lower sequence: GLYMA14G37510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 27
gtatggttgtgagaatttctcatgccattttgtaattattgctttcttctagaatgatttaattctcttggttcatgccatggactggccaaaactgcactggtttgtaccattttgttctttga---attttcaataatatataagac-aaggagttgatgctgatgcttctttgttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCAGGAATGGGTGGTGCAGGGATGGGCGGTGGTTTTGCTGCTCCACCACCAA
                                                        | |     | ||      ||  ||    ||  || ||         | |  || | ||||  | || |    || ||  ||  |||||  | | |   | || || ||  |     |   || | | |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||      | |||||||| | |||| |  ||          |  | | |       
------------------------------------------------------gtactctcccccctcccccaatatcaaatcctttcctaa-tgaagtcagataatatcctttttcttttgggcacatattttatcttatatttggctatcaaattaatactagt----ttcaattatctccagAATATGTATGCCCAGTTACTACCACTTGCTTTGCCTGCACCACCAA------GTATGGGTGGAGGAGGG-TATGCACCACCAACACC-CCCTATTGGTG-

upper sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 29
lower sequence: GLYMA01G38580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 29
gtatggttgtgagaatttctcatgccattttgtaattattgctttcttctagaatgatttaattctcttggttcatgccatggactggccaaaactgcactggtttgtaccattttgttctttgaattttcaataatatataagacaaggagttgatgctgatgcttctttgttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCAGGAATGGGTGGTGCAGGGATGGGCGGTGGTTTTGCTGCTCCACCACCAA---------
                                                                                                | ||   |||  |  || |  || |   |       ||| | | | |   |   | || |   ||    ||     |  | | |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || || || |||| ||||||||| ||          |||  ||    | |  | |||| ||| |         
------------------------------------------------------------------------------------------------gtaccctttttcaa-atctccttttacaagacagttatattgtttgat-tattaaattaacaatg----tttccaatgatctacagAATATGTATGCCCAGTTGCTACCGCTTGCTTTGCCAGCACCTCCTATGCAAGGAATGGGGGG---------AGGCTATGCCCCTTCCCCACCACTACCTATGGGTGGAA

upper sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 29
lower sequence: GLYMA11G06720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 29
gtatggttgtgagaatttctcatgccattttgtaattattgctttcttctagaatgatttaattctcttggttcatgccatggactggccaaaactgcactggtttgtaccattttgttctttgaattttcaataatatataagacaaggagttga--tgctgatgcttctttgttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCAGGAATGGGTGGTGCAGGGATGGGCGGTGGTTTTGCTGCTCCACCACCAA---------
                                                                                                    |    | |  ||     | | || |   |||| | ||||    |        || |  |    ||| |||    |  | | |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || || || |||| ||||||||| ||          ||   ||    | |  | |||||||| |         
---------------------------------------------------------------------------------------------------gtaccctttgtcaaaccttccatttaccattcagttatattcttgtttgattattaaattaacaatgtttcca-atgatctacagAATATGTATGCCCAGTTGCTACCGCTTGCTTTGCCAGCACCTCCTATGCAAGGAATGGGGGG---------AGGTTATGCCCCTTCCCCACCACCACCCATGGGCGGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30133211|gb|CB918550.1|CB918550
EST:     AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGGTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|30129894|gb|CB915233.1|CB915233
EST:     AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|30252228|gb|CB969779.1|CB969779
EST:     GAGAGACAAAAGCTAGAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|30251383|gb|CB969116.1|CB969116
EST:     AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|30252310|gb|CB969861.1|CB969861
EST:     GAGAGACAAAAGCTAGAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|30127043|gb|CB912382.1|CB912382
EST:     GTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: GTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|30251483|gb|CB969216.1|CB969216
EST:     GAGAGACAAAAGCTAGAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|30252223|gb|CB969774.1|CB969774
EST:     GAGAGACAAAAGCTAGAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|30252315|gb|CB969866.1|CB969866
EST:     GAGAGACAAAAGCTAGAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|110699699|gb|EE076936.1|EE076936
EST:     AGA-ACAAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AGAGACAAAA-GCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|30251472|gb|CB969205.1|CB969205
EST:     GAGAGACAAAAGCTAGAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
EST: gi|45771749|gb|CN007601.1|CN007601
EST:     AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAG                         AATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA
genomic: AAGAGACAAAAGCTAAAGAGGAGGAGGAGAAGGATGTTGTGAAACAACAGgtatggttgt ... ttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcaataatatataagacaaggagttgatgctgatgcttctttgttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCAGGAATGGGTGGTGCAGGGATGGGCGGTGGTTTTGCTGCTCCACCACCAA
                             tgctgat  putative branch site (score: 3)
                                     cttctttgtt  CT-rich tract
     ataatatataagacaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggttgtgagaatttctcatgccattttgtaattattgctttcttctagaatgatttaattctcttggttcatgccatggactggccaaaactgcactggtttgtaccattttgttctttgaattttcaataatatataagacaaggagttgatgctgatgcttctttgttgtatgcagAATATGTATGCACAGTTACTGCCTCTTGCTTTGCCCGCTCCACCAATGCCAGGAATGGGTGGTGCAGGGATGGGCGGTGGTTTTGCTGCTCCACCACCAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT