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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gatgatcaggctaattatactttaaatgagcaaagtgaactgagcagtcttctgatgttggttattgcatcaaatctgactgaggtgatttgcactgtagGTATGATCATTTGGCTAGAAGTGCACCAACAATCTTGGATGATTCTCTTTCTGCAGATGCATATCTCAATGTCCTGTACATGCCATCTACATTTCCTCGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g04520.t01
intron # 29
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 29
lower sequence: LOC_Os01g40990.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 28
----gatgatcaggctaattatactttaaatgagcaaagtgaact-gagcagtcttctgatgttggttattgcatcaaatctgactgaggtgatttgcactgtagGTATGATCATTTGGCTAGAAGTGCACCAACAATCTTGGATGATTCTCTTTCTGCAGATGCATATCTCAATGTCCTGTACATGCCATCTACATTTCCTCGT
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ttcaccaaaataatctattgccactttctagcatttttgggaaccaggagaaatttctttccttcttttcagtaacaatgctg-ttaac----cttgcattgcagGTACGAACATTTAGCAAAAAGTGCAGCTACCATTTTTGATGATTCACTTTCTGCTGATGCTTACCTCAATGTTCTCTACATGCCATCCACATTCCCACGA

upper sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 29
lower sequence: GLYMA06G07850.2 (Glycine max), 3'ss of exon 28
gatgatcaggctaattatactttaaatgagcaaagtg-aactg-agcagtcttctgatgttggttattgcatc-----------aaatctgactgaggtgatttgcactgtagGTATGATCATTTGGCTAGAAGTGCACCAACAATCTTGGATGATTCTCTTTCTGCAGATGCATATCTCAATGTCCTGTACATGCCATCTACATTTCCTCGT
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-------------aggaaaccaatggggaaaaaattggaagtgcagacacctttagatcctggtcattgcacagaaaaaaaaaaaaaaaaaactgattatatttctgcttcagGTATGAACACCTGGCTAAAAGTGCACCCACAATCTTGGATGATTCTCTTTCTGCTGATTCATATCTCAACATCTTATACATGCCATCAACATTTCCCCGT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtcttctgatgttggttattgcatcaaatctgactgaggtgatttgcactgtagGTATGATCATTTGGCTAGAAGTGCACCAACAATCTTGGATGATTCTCTTTCTGCAGATGCATATCTCAATGTCCTGTACATGCCATCTACATTTCCTCGT
                            atctgac  putative branch site (score: 3)
                       atcaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gatgatcaggctaattatactttaaatgagcaaagtgaactgagcagtcttctgatgttggttattgcatcaaatctgactgaggtgatttgcactgtagGTATGATCATTTGGCTAGAAGTGCACCAACAATCTTGGATGATTCTCTTTCTGCAGATGCATATCTCAATGTCCTGTACATGCCATCTACATTTCCTCGT

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