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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcttatctcttgttatttctagttatttccatcaatattctctaattaatacttcttgtcatgaccaacagAGATGCCTCATACACAACACAACCTCTTGAGCTACTCAATGCTTTGGGTTTTGAAAACCCAAAAAACCACGCAGTGTTAGCCAGAGATTCAGAAATCACT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g00170.t01
intron # 27
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 27
lower sequence: AT3G43300.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 26
gtgcttatctcttgttatttctagttatttccatcaatattctctaattaatacttcttgtcatgaccaacagAGATGCCTCATACACAACACAACCTCTTGAGCTACTCAATGCTTTGGGTTTTGAAAACCCAAAAAACCACGCAGTGTTAGCCAGAGATTCAGAAATCACT
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gtgaccatctttcataaaaaaaaattgtcttca--aatgttg-ctatctaaccttttctttct--gttgccagAGATGCATCATACACAACTCAACCGCTGGAGCTGTTGAATGCTTTGAGTTTTGACAATCCGAAAAAGAACCTAGTTTTGGCAGGAGACATAGAGGCCGAT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctagttatttccatcaatattctctaattaatacttcttgtcatgaccaacagAGATGCCTCATACACAACACAACCTCTTGAGCTACTCAATGCTTTGGGTTTTGAAAACCCAAAAAACCACGCAGTGTTAGCCAGAGATTCAGAAATCACT
                           aattaat  putative branch site (score: 3)
              atcaatattctctaat  TA-rich tract