Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttttgtggccaaatagttcgtctttataacttacttcataggaccatctgttcatatcattcatatatgtacttaactatctccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g00490.t01
intron # 25
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351039026|gb|FQ457701.1|FQ457701
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351056447|gb|FQ454308.1|FQ454308
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351042671|gb|FQ451086.1|FQ451086
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351034908|gb|FQ458265.1|FQ458265
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351035476|gb|FQ463321.1|FQ463321
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|30305348|gb|CB982142.1|CB982142
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351038517|gb|FQ464383.1|FQ464383
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351056626|gb|FQ442454.1|FQ442454
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351026108|gb|FQ428120.1|FQ428120
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|71875416|gb|DT024471.1|DT024471
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351051717|gb|FQ449531.1|FQ449531
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataggaccatctgttcatatcattcatatatgtacttaactatctccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG
                                 acttaac  putative branch site (score: 3)
                                       ctatctccttctgc  CT-rich tract
                atatcattcatatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttttgtggccaaatagttcgtctttataacttacttcataggaccatctgttcatatcattcatatatgtacttaactatctccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT