1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' |
...atttttagcatgtaatatagcacatgttggaattagaattgtcattttagtgaaattaaacatttagcaattagcatctgacatataactggacattcagGTGGATTGCTAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGAGGAGAAGCTATCAAAAGAGGAGCAAGACATGGCTTGGGAAGTATATCGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0036g01460.t01 |
intron # | 24 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTCTTCTGACAAGTTAATGGAAAGTTTACTTGTCAGGCATTATCCACG GTGGATTGCTAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGAEST: gi|29785711|gb|CB342999.2|CB342999
genomic: TGCTCTTCTGACAAGTTAATGGAAAGTTTACTTGTCAGGCATTATCCACGgtatattctt ... ggacattcagGTGGATTGCTAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGA
EST: TGCTCTTCTGACAAGTTAATGGAAAGTTTACTTGTCAGGCATTATCCACG GTGGATTGCGAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGAEST: gi|161713628|gb|FC062542.1|FC062542
genomic: TGCTCTTCTGACAAGTTAATGGAAAGTTTACTTGTCAGGCATTATCCACGgtatattctt ... ggacattcagGTGGATTGCTAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGA
EST: TGCTCTTCTGACAAGTTAATGGAAAGTTTACTTGTCAGGCATTATCCACG GTGGATTGCGAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGAEST: gi|28964027|gb|CB343060.1|CB343060
genomic: TGCTCTTCTGACAAGTTAATGGAAAGTTTACTTGTCAGGCATTATCCACGgtatattctt ... ggacattcagGTGGATTGCTAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGA
EST: TGCTCTTCTGACAAGTTAATGGAAAGTTTACTTGTCAGGCATTATCCACG GTGGATTGCGAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGAEST: gi|32267667|gb|CD716630.1|CD716630
genomic: TGCTCTTCTGACAAGTTAATGGAAAGTTTACTTGTCAGGCATTATCCACGgtatattctt ... ggacattcagGTGGATTGCTAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGA
EST: TGCTCTTCTGACAAGTTAATGGAAAGTTTACTTGTCAGGCATTATCCACG GTGGATTGCTAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGA
genomic: TGCTCTTCTGACAAGTTAATGGAAAGTTTACTTGTCAGGCATTATCCACGgtatattctt ... ggacattcagGTGGATTGCTAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGA
tttagtgaaattaaacatttagcaattagcatctgacatataactggacattcagGTGGATTGCTAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGAGGAGAAGCTATCAAAAGAGGAGCAAGACATGGCTTGGGAAGTATATCGG
atataac putative branch site (score: 3)
aaattaaacatttagc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atttttagcatgtaatatagcacatgttggaattagaattgtcattttagtgaaattaaacatttagcaattagcatctgacatataactggacattcagGTGGATTGCTAACTACCATGAACATGAGACCCTTCTGCAAGAGAATGAAGAGGAGAAGCTATCAAAAGAGGAGCAAGACATGGCTTGGGAAGTATATCGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - -gcatgta
- - - - - - - - - -gcacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaattaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatctg