Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatataaaaatggtgtttcgttttcttctcttcttttccaaaataccattgccaaattaacctattctttctctgtggttatctactgtttttagGCATGGACTTTACACGAAAACAACCAAAGTATGGATTTAGTTGATCCAACATTAACAGAATTTGATGAAAATGAAGTCAGTCGAGTCGTAAGAGTGGCTC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0092g00710.t01
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34546373|gb|CF514605.1|CF514605
EST:     CAAACTCCGACAACAGCTTGGATGCAAGAAAGATGTATCTTCTTGAATGG                         GCATGGACTTTACACGAAAACAACCAAAGTATGGATTTAGTTGATCCAACA
genomic: CAAACTCCGACAACAGCTTGGATGCAAGAAAGATGTATCTTCTTGAATGGgtatataaaa ... ctgtttttagGCATGGACTTTACACGAAAACAACCAAAGTATGGATTTAGTTGATCCAACA
EST: gi|34546458|gb|CF514690.1|CF514690
EST:     CAAACTCCGACAACAGCTTGGATGCAAGAAAGATGTATCTTCTTGAATGG                         GCATGGACTTTACACGAAAACAACCAAAGTATGGATTTAGTTGATCCAACA
genomic: CAAACTCCGACAACAGCTTGGATGCAAGAAAGATGTATCTTCTTGAATGGgtatataaaa ... ctgtttttagGCATGGACTTTACACGAAAACAACCAAAGTATGGATTTAGTTGATCCAACA
EST: gi|110377956|gb|EC943060.1|EC943060
EST:     CAAACTCCGACAACAGCTTGGATGCAAGAAAGATGTATCTTCTTGAATGG                         GCATGGACTTTACACGAAAACAACCAAAGTATGGATTTAGTTGATCCAACA
genomic: CAAACTCCGACAACAGCTTGGATGCAAGAAAGATGTATCTTCTTGAATGGgtatataaaa ... ctgtttttagGCATGGACTTTACACGAAAACAACCAAAGTATGGATTTAGTTGATCCAACA
EST: gi|34548522|gb|CF516754.1|CF516754
EST:     CAAACTCTGACAACAGCTTGGATGCGAGAAAGATGTATCTTCTTGAATGG                         GCATGGACTTTACATGAAAACAACCAAAGTATGGATTTAGTTGATCCAACA
genomic: CAAACTCCGACAACAGCTTGGATGCAAGAAAGATGTATCTTCTTGAATGGgtatataaaa ... ctgtttttagGCATGGACTTTACACGAAAACAACCAAAGTATGGATTTAGTTGATCCAACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaataccattgccaaattaacctattctttctctgtggttatctactgtttttagGCATGGACTTTACACGAAAACAACCAAAGTATGGATTTAGTTGATCCAACATTAACAGAATTTGATGAAAATGAAGTCAGTCGAGTCGTAAGAGTGGCTC
              aattaac  putative branch site (score: 2)
                                             ctgttttt  putative PPT
             aaattaa  TA-rich tract